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J-GLOBAL ID：201602251616657411   整理番号：16A0914328

定量的リアルタイムPCRを用いることによる非生物的なストレス下のCunninghamia lanceolata(コウヨウザン)の根および子葉のハウスキーピング遺伝子のスクリーニングおよび確認

Screening and Validation of Housekeeping Genes of the Root and Cotyledon of Cunninghamia lanceolata under Abiotic Stresses by Using Quantitative Real-Time PCR

著者 (4件)： BAO Wenlong (Beijing Forestry Univ., Beijing, CHN) ,  QU Yanli (Beijing Forestry Univ., Beijing, CHN) ,  SHAN Xiaoyi (Beijing Forestry Univ., Beijing, CHN) ,  WAN Yinglang (Beijing Forestry Univ., Beijing, CHN)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 17  号： 8  ページ： WEB ONLY  発行年： 2016年08月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cunninghamia lanceolata(コウヨウザン)は,Cupressaceae(ヒノキ科)系統の成長の早くて商業的に重要な針葉樹である。全ゲノム配列のアンアベイラビリティおよびコウヨウザンの比較的貧弱な遺伝的背景情報により,正確な分析のための内部標準として好適ハウスキーピング遺伝子(HKGs)の発現レベルを同定して,分析することが,必要である。データベース分析およびトランスクリプトーム配列解析の結果に基づき,コウヨウザンにおける保存的配列を有する5つの候補をHKG(アクチン,GAPDH,グリセルアルデヒド-3-ホスフェートデヒドロゲナーゼ,EF1a,18S rRNAおよびUBQ)に選んで,定量的分析のために種を関係させた。異なる時間範囲での5つの異なる非生物的なストレス下における根および子葉におけるこのHKGの発現レベルを,qRT-PCR法によって測定した。本データを,以下のアルゴリズムを用いて統計学的に分析した。即ち,それはNormFinder,BestKeeperおよびgeNormである。最後に,共通配列によって3つの計画とランクから発生した配列を合併するために,ランク集めを適用した。このHKGの発現レベルは,異なる非生物的なストレス下の可変安定性を示した。この間で,アクチンは根で最も安定な内部標準であった。さらに,GAPDHは子葉で最も安定なハウスキーピング遺伝子であった。他の非モデル植物のデータベースを配列決定しているデノボに基づきHKGを選択するために,実験手順も記述した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *リアルタイムPCR法 ,  *定量的PCR法 ,  *スギ科 ,  *ハウスキーピング遺伝子 ,  スクリーニング ,  針葉樹 ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  アクチン ,  グリセルアルデヒドリン酸デヒドロゲナーゼ ,  化学合成 ,  生合成
準シソーラス用語： 定量的リアルタイムPCR ,  *Cunninghamia lanceolata ,  コウヨウザン ,  ゲノム配列 ,  トランスクリプトーム解析 ,  GAPDH ,  デノボ合成

分類 (2件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (8件)： 定量的リアルタイムPCR ,  ストレス ,  Cunninghamia ,  コウヨウザン ,  根 ,  子葉 ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  スクリーニング