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J-GLOBAL ID：201602279447704769   整理番号：16A0724613

補修スパース低ランク行列に基づく遺伝子調節ネットワークの再構築【Powered by NICT】

Reconstruction of Gene Regulatory Networks Based on Repairing Sparse Low-Rank Matrices

著者 (5件)： Chang Young Hwan (Department of Electrical Engineering and Computer Sciences, University of California, Berkeley, CA) ,  Dobbe Roel (Department of Electrical Engineering and Computer Sciences, University of California, Berkeley, CA) ,  Bhushan Palak (Department of Electrical Engineering and Computer Sciences, University of California, Berkeley, CA) ,  Gray Joe W. (Department of Biomedical Engineering and the Center for Spatial Systems Biomedicine, Oregon Health and Science University, Portland, OR) ,  Tomlin Claire J. (Department of Electrical Engineering and Computer Sciences, University of California, Berkeley, CA)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 13  号： 4  ページ： 767-777  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループットプロテオミクスデータの成長に伴い,様々な摂動から特定の時系列遺伝子発現データにおける,生じているという一般的な問題は,意味のある構造に本質的に不均一データを組織化する方法である。乳癌腫瘍のような生物学的システムは,種々の処理に対して異なる反応を示すので,これらの遺伝子調節ネットワーク(GRN)は,種々の刺激下でどのように作動するか正確にはほとんど知られていない。知識の欠如のために,課題はGRNの動力学のモデル化で生じるだけでなく,パラメータを同定し,GRN構造を推定におけるバイアスあるいは不確実性を引き起こす。摂動の効果に起因するバイアス誤差を推定し,バイアス推定されたグラフ構造の中で一般的なグラフ構造を正確に同定することを可能にする新しいアルゴリズムを提案した。これを行うために,種々の摂動を受けるGRNの共通動力学検索する。はコンピュータビジョンにおいて「画像修復」にヒントを得た「修復」としてタスクに関連している。法は,自動的に摂動を受けたGRNに共通グラフ構造を修復,摂動の影響に関する正確な情報がなくてもできる。合成データセット上で方法を評価し,DREAMデータセットへの応用を示し,実験設計への意味を議論した。Copyright 2016 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 実験計画法 ,  乳房腫瘍 ,  不確実性 ,  摂動 ,  *再構成 ,  コンピュータビジョン ,  生体系 ,  バイアス ,  画像復元 ,  モデリング ,  *透視図法
準シソーラス用語： データセット ,  グラフ構造 ,  遺伝子発現データ ,  *遺伝子調節ネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 信号理論  (ND02020G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  パターン認識  (JE07000S) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 補修 ,  行列 ,  遺伝子調節ネットワーク ,  再構築