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J-GLOBAL ID：201602285714505194   整理番号：16A1381873

samExploreR SAMファイルに基づくRNA-seqの結果の再現性と頑健性の調査

samExploreR: exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files

著者 (11件)： STUPNIKOV Alexey (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  TRIPATHI Shailesh (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  DE MATOS SIMOES Ricardo (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  MCART Darragh (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  SALTO-TELLEZ Manuel (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  GLAZKO Galina (Univ. Arkansas for Medical Sci., AR, USA) ,  DEHMER Matthias (UMIT, Hall in Tirol, AUT) ,  DEHMER Matthias (Nankai Univ., Tianjin, CHN) ,  EMMERT-STREIB Frank (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  EMMERT-STREIB Frank (Tampere Univ. Technol., Tampere, FIN) ,  EMMERT-STREIB Frank (Inst. of Biosciences and Medical Technol., Tampere, FIN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 32  号： 21  ページ： 3345-3347  発行年： 2016年11月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： SAMファイルに基づいてショートリードのサブサンプリングを可能にするRパッケージsamExploreRについて示した。samExploreRにより,RNA-seqデータ解析の結果の再現性および頑健性を簡便に調べることができる。発現レベルが異なる遺伝子の同定に及ぼすシークエンシング深度およびアノテーションの影響を調べた結果,発現レベルが異なる遺伝子の同定におけるsamExploreRの有用性が実証された。samExploreRはBioconductorからRパッケージとして入手可能である。

シソーラス用語： *遺伝子発現 ,  プログラムパッケージ ,  遺伝学実験技術 ,  *再現性 ,  ロバスト性 ,  アノテーション ,  遺伝子 ,  データ
準シソーラス用語： *RNA-seq ,  Rパッケージ ,  *samExploreR ,  シークエンシング ,  データセット ,  *遺伝子同定 ,  *頑健性

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： SAM ,  ファイル ,  RNA-seq ,  再現性 ,  頑健性 ,  調査