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J-GLOBAL ID：201602287041645476   整理番号：16A0735789

中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCEOLATA)およびSSRマイニングトランスクリプトームEST-SSRマーカーの大規模開発【JST・京大機械翻訳】

SSR Mining and Development of EST-SSR Markers for Cunninghamia lanceolata Based on Transcriptome Sequences

著者 (4件)： Wen Yafeng (College of Landscape Architecture,Central South University of Forestry and Technology) ,  Han Wenjun (College of Forestry,Central South University of Forestry and Technology) ,  Zhou Hong (Shaoguan Forestry Administration,Guangdong Province) ,  Xu Gangbiao (College of Forestry,Central South University of Forestry and Technology)
資料名： Linye Kexue  (Linye Kexue)
巻： 51  号： 11  ページ： 40-49  発行年： 2015年 
JST資料番号： C2424A  ISSN： 1001-7488  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCCEOLATA)のSSRマーカー数が不足し、すでに開発の多型部位が悪い等の問題を解決するために,中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCCEOLATA)のトランスクリプトームシークエンシングデータを基礎にし,多重PCR技術を一括してSSRマイニングは結合し,大規模EST-SSR遺伝子座を開発し,中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCCEOLATA)の分子遺伝学的研究のために良好な基礎を築く。【方法】中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCCEOLATA)のトランスクリプトーム配列データ(ACCESSION SRXの:151872)をNCBIのSRAのデータベースからダウンロードした。SSR遺伝子座;掘削バッチにはCLCとCMIBソフトウェアを用いた。SSRマーカーの大規模開発を,4色蛍光標識汎用プライマー多重PCR(MULTIPLEX-PCR)技術を用いて実現した。【結果】中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCCEOLATA)のトランスクリプトームのDE NOVO ASSEMBLY配列共35633コンティグを得た,総長さ31.5 MBが,そのうち最も小さく長さ155BPをスプライシングし,最も大きい平均長79423BP,884 BPをスプライシングし。2 156個のSSR遺伝子座を得て,1 822コンティグ中に分布し,そのうち256コンティグの中に1つ以上のSSR遺伝子座を含む,複合SSRの数は118個であり,SSRの平均分布密度は68.4個/MBであった。異なるSSR反復単位(モチーフ)の中で,トリヌクレオチドSSR反復ユニットの数が最も多く,総数の41.7%を占める。バッチプライマー設計から得た1,582個の有効部位のプライマー対を,SSR位点総数の73.4%を占める。4色蛍光標識汎用プライマー多重PCR検出技術を利用して,マーカー35個の候補遺伝子座に対して、多型検出を行い,その中に28個の遺伝子座が多型を持ち,多点の割合は80%に達することができる位,多型情報含有値(PIC)の平均値を検出,0.573であった。開発されたEST-SSR遺伝子座には高い多様性があることを示した。PCA分析の結果,28個のEST-SSRの多形点位強い鑑別コウヨウザン(広葉杉)が地理的原産地の異なる,さらに1つの同源の異なった個体の能力を持つ。【結論】トランスクリプトームSSRSマイニングと多重4色蛍光標識汎用プライマーPCR技術を結合して,,これら位の点はすでに後続コウヨウザン遺伝的多様性の保護の研究に使用,多く高品質を得,CUNNINGHAMIA LANCEOLATAのEST-SSRは高速フローと方法を開発したEST-SSRマーカー部位を構築することに成功した。従来のSSRマーカー部位の開発技術と比較し,トランスクリプトームの大規模シーケンス、高品質多型部位の選択のために十分なデータの保証を提供することができる。4色蛍光標識汎用プライマー遺伝子タイピングの結果ははっきりしており、安定信頼性,試験のコストはわずかだけ元の10%~15%,また多重PCR増幅技術を結合することは,試験効率は5~6倍増加。新しい方法の確立と応用は中国モミ(CUNNINGHAMIA LANCCEOLATA)の分子遺伝学に関する研究を促進できるだけでなく,また他の非モデル生物あるいは新しい種のSSRマーカーの開発に対しても重要な参考作用を有する。Data from the ScienceChina, LCAS.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 蛍光標識 ,  PCR法 ,  鑑別 ,  データベース ,  *トランスクリプトーム ,  *中華人民共和国 ,  多重化 ,  高速度
準シソーラス用語： 分子遺伝学 ,  遺伝子タイピング ,  高品質 ,  Cunninghamia lanceolata ,  コンティグ ,  *マイクロサテライトマーカー ,  *EST-SSR , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Cunninghamia lanceolata ,  microsatellite markers ,  EST-SSR ,  transcriptome sequences ,  de novo assembly

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (8件)： 中国 ,  モミ ,  Cunninghamia ,  SSR ,  トランスクリプトーム ,  EST-SSR ,  マーカー ,  大規模開発