特許
J-GLOBAL ID：201603021418656601
アミノ酸配列解析方法及び装置
発明者：
,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
特許業務法人京都国際特許事務所
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2012-198301
公開番号（公開出願番号）：特開2014-052331
特許番号：特許第5874587号
出願日： 2012年09月10日
公開日（公表日）： 2014年03月20日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 ポリペプチドである目的試料を酵素により断片化して得られたペプチド断片混合物を質量分析することで収集したマススペクトルデータに基づいて、目的試料のアミノ酸配列を推定するアミノ酸配列解析方法であって、
a)目的試料に対する単一種類の酵素による断片化を、複数種類の酵素についてそれぞれ実行して得られた複数種類のペプチド断片混合物をそれぞれ質量分析することにより収集されたマススペクトルデータに対し、デノボシーケンシングを用いた配列推定により各断片に対する部分アミノ酸配列候補を求める部分配列推定ステップと、
b)断片化に用いられた酵素の種類の情報、及び、前記部分配列推定ステップにより求まる部分アミノ酸配列候補、を収集するデータ収集ステップと、
c)前記部分アミノ酸配列候補及び酵素情報に基づき、酵素の種類に応じて既知である特異的な部位で切断が生じることを利用して、元のポリペプチドのN末端又はC末端を含む部分アミノ酸配列を抽出する末端配列抽出ステップと、
d)前記部分アミノ酸配列候補の中でN末端又はC末端を含む配列候補を除き、部分アミノ酸配列候補に含まれる共通の一部配列をオーバーラップさせて矛盾が生じない部分アミノ酸配列候補のみを選択して結合する作業を繰り返すことにより、アミノ酸配列を延伸させてゆき、最終的に前記末端配列抽出ステップにおいて抽出された末端を含む部分アミノ酸配列を結合させることでアミノ酸配列候補を導出する結合処理実行ステップと、
e)前記結合処理実行ステップにより生成されたアミノ酸配列候補の全てについて、それぞれ結合に用いられた前記部分アミノ酸配列候補の数を求め、その数に基づいて、複数のアミノ酸配列候補を選別する又はその序列を決める結果検証ステップと、
f)前記結果検証ステップによって選別されたアミノ酸配列候補又は序列付けされたアミノ酸配列候補を目的試料のアミノ酸配列推定結果として提示する結果提示ステップと、
を有することを特徴とするアミノ酸配列解析方法。
IPC (1件)：
FI (2件)：
G01N 27/62 V
, G01N 27/62 D
出願人引用 (1件)
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19th International Mass Spectrometry Cenference, 2012, Pmo-038
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