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J-GLOBAL ID：201702212066206276   整理番号：17A0064333

中国の桜トランスクリプトームに基づくSSR分子マーカーの開発と同定【JST・京大機械翻訳】

Development and Validation of SSR Markers Based on Transcriptomic Data of Chinese Cherry(Prunus pseudocerasus)

著者 (6件)： Zong Yu (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biotechnology on Specialty Economic Plants,College of Chemistry and Life Sciences,Zhejiang Normal University) ,  Wang Yue (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biotechnology on Specialty Economic Plants,College of Chemistry and Life Sciences,Zhejiang Normal University) ,  Zhu Youyin (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biotechnology on Specialty Economic Plants,College of Chemistry and Life Sciences,Zhejiang Normal University) ,  Shao Xu (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biotechnology on Specialty Economic Plants,College of Chemistry and Life Sciences,Zhejiang Normal University) ,  Li Yongqiang (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biotechnology on Specialty Economic Plants,College of Chemistry and Life Sciences,Zhejiang Normal University) ,  Guo Weidong (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biotechnology on Specialty Economic Plants,College of Chemistry and Life Sciences,Zhejiang Normal University)
資料名： Yuanyi Xuebao  (Yuanyi Xuebao)
巻： 43  号： 8  ページ： 1566-1576  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1457A  ISSN： 0513-353X  CODEN： YUHPAA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 中国の桜桃(PRUNUS PSEUDOCERASUS LINDL.)の休眠芽のトランスクリプトームデータに対してSSR遺伝子座の探索と分析を行い、7のSSR遺伝子座を発見し、総発生頻度は15.62%であった。SSR反復型のヌクレオチドの頻度は最も高く(58.65%),トリヌクレオチド(次%)であった。8つの多型プライマーを用いて,24の桜の生殖質におけるプライマーの有効性と遺伝的多様性を分析し,結果は,対立遺伝子の最大数が2.92(PPSSR2),最小値が1.09(PPSSR8),平均値が1.73であることを示した。SHANNON多様性指数の変化範囲は0.202~1.290であり,平均値は0.755であった。ヘテロ接合性と期待ヘテロ接合性の変化範囲はそれぞれ0.083~0.917と0.082~0.671であった。平均値はそれぞれ0.391と0.384であった。SHANNON多様性指数,観察ヘテロ接合性および期待ヘテロ接合性の3つの多様性指数の最大値は,遺伝子座においてPPSSR2であり,最小値は,位8であった。SSRマーカーに基づく24の桜種のクラスター分析の結果は古典的な形態学的分類と完全に一致しないが、クラスターの結果は5つの異なるグループに明確に分けられ、浙江省の中国桜遺伝資源の遺伝的多様性が豊富であることを示した。2つの泉品種は他の浙江省の遺伝資源と明らかに異なり、それらはヤマザクラと浙Min桜とより緊密な遺伝関係があり、この品種は桜新品種の選別育成の優れた材料として、現在の桜栽培品種の遺伝背景を広げることができる。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 対立遺伝子 ,  遺伝 ,  クラスタ分析 ,  遺伝資源 ,  モルフォロジー ,  *トランスクリプトーム ,  品種 ,  栽培品種
準シソーラス用語： 浙江省 ,  マイクロサテライトマーカー ,  ヘテロ接合性 ,  多様性指数 ,  遺伝多様性 ,  生殖質 ,  *分子マーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Prunus pseudocerasus ,  transcriptome ,  SSR ,  germplasm resources ,  genetic diversity

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： 中国 ,  桜 ,  トランスクリプトーム ,  SSR ,  分子マーカー ,  開発 ,  同定