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J-GLOBAL ID：201702213383412577   整理番号：17A0142713

被覆正規化によるリードの異型接合性の除去【Powered by NICT】

Eliminating heterozygosity from reads through coverage normalization

著者 (4件)： Zhao Zicheng (Department of Computer Science, City University of Hong Kong, Tat Chee Avenue, Kowloon, Hong Kong SAR) ,  Ng Yen Kaow (Department of Computer Science, Faculty of Information and Communication Technology, Universiti Tunku Abdul Rahman, Kampar, Malaysia) ,  Fang Xiaodong (Department of Computer Science, City University of Hong Kong, Tat Chee Avenue, Kowloon, Hong Kong SAR) ,  Li Shuaicheng (Department of Computer Science, City University of Hong Kong, Tat Chee Avenue, Kowloon, Hong Kong SAR)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 174-177  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異型接合性は長く悩まさゲノムアセンブリ。富洗練されたアルゴリズムと手順のゲノムアセンブリにおけるその治療に導入されている。本論文では,この目的のためにHank(正規化k量体によるヘテロ接合性同化)と呼ばれる手法を提案した。法はホモ接合領域のレベルへの被覆率を増加させるためにヘテロ接合領域におけるk量体を修飾することによりリードからヘテロ接合性を除去した。0.1%~2.0%のヘテロ接合性のレベルでシミュレートされたIlluminaデータを基に評価すると,Hankしたヘテロ接合性の80~96%を除去することができた。SOAPdenovo2,ALLPATH LGとPlatanusを用いたde novoゲノム集合に対する補正の影響を調べた。全三方法は,処理したk量体(空間制約のために,この論文ではこれらの集合結果を含んでいない)を用いて性能を改善した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 被覆率 ,  制約条件 ,  ヘテロ接合 ,  アルゴリズム ,  *被覆 ,  ゲノム ,  *正規化
準シソーラス用語： ホモ接合 ,  *ヘテロ接合性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  人工知能  (JE08000Z)

タイトルに関連する用語 (3件)： 正規化 ,  リード ,  異型接合性