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J-GLOBAL ID：201702213518960086   整理番号：17A0537763

iTAK植物転写因子,転写調節因子,蛋白質キナーゼの全ゲノム予測と分類のためのプログラム【Powered by NICT】

iTAK: A Program for Genome-wide Prediction and Classification of Plant Transcription Factors, Transcriptional Regulators, and Protein Kinases

著者 (13件)： Zheng Yi (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Jiao Chen (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Sun Honghe (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Rosli Hernan G (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Pombo Marina A (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Zhang Peifen (Department of Plant Biology, Carnegie Institution for Science) ,  Banf Michael (Department of Plant Biology, Carnegie Institution for Science) ,  Dai Xinbin (Samuel Roberts Noble Foundation) ,  Martin Gregory B (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Giovannoni James J (Boyce Thompson Institute, Ithaca) ,  Zhao Patrick X (Samuel Roberts Noble Foundation) ,  Rhee Seung Y (Department of Plant Biology, Carnegie Institution for Science) ,  Fei Zhangjun (Boyce Thompson Institute, Ithaca)
資料名： Fenzi Zhiwu  (Fenzi Zhiwu)
巻： 9  号： 12  ページ： 1667-1670  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2651A  ISSN： 1674-2052  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写因子(TF)はプロモーター領域における特異的c/s要素への結合により標的遺伝子の発現を調節する蛋白質である。転写調節因子(TR)は,標的遺伝子の発現を調節するが,基本的な転写装置(例えば,TF)との相互作用を介して,またはクロマチンremodeh ingによるTFへのDNAの接近可能性を変化させることにより間接的に動作する。他型調節蛋白質の,蛋白質キナーゼ(PK)は,シグナル伝達経路において機能し,それらをりん酸化することにより標的蛋白質の活性を変化させる。これら三つの重要なクラス調節蛋白質は,植物の成長と発達(Gapperら,2014,XuとZhang,2015)の多くの側面,生物的および非生物的刺激(Zhangら,2013;Mickelbartら,2015)に応答して関連している。これら遺伝子の効果的で正確な同定と分類は,それらの進化,生物学的機能,および調節ネットワークを理解するために重要である。現在,100よりもより多くの植物ゲノムが配列決定され,調節蛋白質はこれらの植物ゲノムのいくつかから同定した。,特にTF,これら調節蛋白質を呈したデータベースを開発し,PInTFDB(Perez Rodriguez.,2010)とPlantTFDB(Jinら,2013)とされている。TF/TRファミリーと関連する分類規則の注釈は,異なる試験間で一致していない。例えば,PlantTFDBはPlnTFDBに発表されているTRを含んでいない。もう一つの例として,C2H2ファミリーの禁制領域(特異的なTFファミリーは含んでいないことをドメイン)はPlantTFDBにおけるRNase_TドメインがPlnTFDBにおけるPHDドメインとして指定されている。現在,ゲノム配列の収集が急速に拡大しているが,カタログと注釈付きTF/TRはゲノム規模および標的分析のための重大な結果と矛盾同定と特性化基準による異なるデータベースにより変化する。さらに,植物調節剤の特定のグループに焦点を当てた多くの研究とは対照的に,ゲノムスケールでこれらの調節蛋白質の同定と分類のための計算ツールは非常に限られている。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： プロモーター領域 ,  データベース ,  アノテーション ,  クロマチン ,  *タンパク質 ,  DNA【核酸】 ,  *ゲノム ,  キャラクタリゼーション ,  アクセシビリティ
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  植物ゲノム ,  遺伝子調節ネットワーク ,  調節蛋白質 ,  標的遺伝子 ,  *転写調節因子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 謎 ,  メンデルの ,  マグネシウム

分類 (1件)： 細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (7件)： 植物 ,  転写因子 ,  転写調節因子 ,  蛋白質キナーゼ ,  ゲノム ,  予測 ,  分類