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J-GLOBAL ID：201702214003884712   整理番号：17A0323675

遺伝子発現プロファイルに基づく統合経路に基づく転写調節ネットワークマイニングと可視化【Powered by NICT】

Integrated pathway-based transcription regulation network mining and visualization based on gene expression profiles

著者 (8件)： Kibinge Nelson (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology, Takayama 8916-5, Ikoma, Nara 630-0192, Japan) ,  Ono Naoaki (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology, Takayama 8916-5, Ikoma, Nara 630-0192, Japan) ,  Horie Masafumi (Department of Respiratory Medicine, Graduate School of Medicine, University of Tokyo, 7-3-1, Hongo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan) ,  Sato Tetsuo (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology, Takayama 8916-5, Ikoma, Nara 630-0192, Japan) ,  Sugiura Tadao (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology, Takayama 8916-5, Ikoma, Nara 630-0192, Japan) ,  Altaf-Ul-Amin Md. (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology, Takayama 8916-5, Ikoma, Nara 630-0192, Japan) ,  Saito Akira (Department of Respiratory Medicine, Graduate School of Medicine, University of Tokyo, 7-3-1, Hongo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan) ,  Kanaya Shigehiko (Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology, Takayama 8916-5, Ikoma, Nara 630-0192, Japan)
資料名： Journal of Biomedical Informatics  (Journal of Biomedical Informatics)
巻： 61  ページ： 194-202  発行年： 2016年 
JST資料番号： B0827A  ISSN： 1532-0464  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 従来,遺伝子発現データからの転写調節ネットワークを検討したワークフローは異なる分析段階を含んでいる。データマイニングと推論推論を統一解釈と仮説生成を増強する特異フレームワークにパイプラインが必要である。転写因子駆動遺伝子調節との関連における調節プロセスに焦点を当てた遺伝子発現データマイニングを用いたネットワーク構築を併合するワークフローを提案した。パイプラインは生物学的解釈を改善するための発現プロファイルの経路に基づくモジュールを実装した機能単位。統合ワークフローを実験計画で定義された試料条件間の転写因子活性の経路の可視化と比較を可能にする機能を持つWebアプリケーションソフトウェア(TransReguloNet)として実装した。パイプラインは,差次的発現,ネットワーク構築,経路に基づく抽象化,クラスタリングおよび可視化を統合する。フレームワークは,肺,乳房,ほふく性癌に関連した実際の発現データセットの分析に適用した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 実験計画法 ,  データマイニング ,  *遺伝子発現 ,  *可視化 ,  仮説生成 ,  転写因子 ,  ワークフロー ,  乳房 ,  遺伝的調節
準シソーラス用語： 差次的遺伝子発現 ,  Webアプリケーション ,  遺伝子発現データ ,  *転写調節ネットワーク ,  *遺伝子発現プロファイリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 生物学的解釈 ,  経路に基づくモジュール化 ,  遺伝子調節 ,  転写因子

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 遺伝子発現プロファイル ,  統合 ,  経路 ,  転写調節ネットワーク ,  可視化