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J-GLOBAL ID：201702218014981566   整理番号：17A0050943

ゲノムおよびビブリオームデータに基づくExiguobacterium antarcticum B7の脂肪酸生合成経路の再構成

Reconstruction of the Fatty Acid Biosynthetic Pathway of Exiguobacterium antarcticum B7 Based on Genomic and Bibliomic Data

著者 (8件)： KAWASAKI Regiane (Federal Univ. Para, PA, BRA) ,  BARAUNA Rafael A. (Federal Univ. Para, PA, BRA) ,  SILVA Artur (Federal Univ. Para, PA, BRA) ,  CAREPO Marta S. P. (Universidade Nova de Lisboa, Costa da Caparica, PRT) ,  OLIVEIRA Rui (Universidade Nova de Lisboa, Costa da Caparica, PRT) ,  MARQUES Rodolfo (Universidade Nova de Lisboa, Costa da Caparica, PRT) ,  RAMOS Rommel T. J. (Federal Univ. Para, PA, BRA) ,  SCHNEIDER Maria P. C. (Federal Univ. Para, PA, BRA)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2016  号： Bioinformatics  ページ： ROMBUNNO.7863706 (WEB ONLY)  発行年： 2016年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Exiguobacterium antarcticum B7は低温環境で生存できる好極限性グラム陽性細菌である。低温適応プロセスを理解するための重要な因子は,耐冷性細菌の細胞膜を構成する脂肪酸の修飾と関連する。本研究において筆者らは,E.antarcticum B7の脂肪酸生合成経路のin silico再構成を示す。化学量論的モデルを構築するため,KEGGとRAST/SEEDを用いてゲノム情報を統合する半自動手法を適用した。制約ベース手法,すなわち代謝流束均衡解析(FBA)と基礎モード(EM)を適用した。ヘキサデセン酸産生最大化を意図してFBAを実行した。フラクソーム分析における遺伝子発現の影響を評価するため,0°Cおよび37°Cのトランスクリプトーム分析で得たlog₂FC値を用いて,FBAも計算した。脂肪酸生合成経路は全部で13の基礎流束モードを示し,そのうち4つはヘキサデセン酸産生のルートを示した。再構成した経路は脂肪酸分子をde novoに産生するE.antarcticum B7の能力を立証した。トランスクリプトームの影響下で,フラクソームは変化し,短鎖脂肪酸産生を促進した。計算したモデルは,低温環境における細菌の適応のより良い理解に寄与する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 遺伝学 ,  文献調査 ,  *Bacillaceae ,  *脂質代謝 ,  *代謝経路 ,  再構成
準シソーラス用語： ゲノム解析 ,  ビブリオーム ,  *Exiguobacterium antarcticum ,  *脂肪酸生合成 ,  *生合成経路

分類 (2件)： 代謝と栄養  (EG03054K) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  Exiguobacterium ,  B7 ,  脂肪酸 ,  生合成経路 ,  再構成