文献

J-GLOBAL ID：201702220037572943   整理番号：17A0061864

CASに基づく大腸菌分子マーカーのモニタリング研究【JST・京大機械翻訳】

A surveillance study on CRISPR/Cas molecular biomarker in Escherichia coli

著者 (10件)： Liang Wenjuan (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University; Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine) ,  Zhang Rongguang (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University) ,  Duan Guangcai (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University; Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine) ,  Hong Lijuan (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University) ,  Zhang Bing (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University) ,  Xi Yuanlin (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University) ,  Yang Haiyan (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University) ,  Chen Shuaiyin (Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University) ,  Lou Tingye (Laboratory Department, The First Affiliated Hospital of Xinxiang Medical University) ,  Zhao Yongxin (Laboratory Department, The Third Affiliated Hospital of Xinxiang Medical University)
資料名： Zhonghua Liuxingbingxue Zazhi  (Zhonghua Liuxingbingxue Zazhi)
巻： 37  号： 8  ページ： 1080-1086  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2330A  ISSN： 0254-6450  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的:CASに基づく大腸菌の分子マーカーのモニタリング研究を検討する。【方法】GENBANKにおける135株の大腸菌と203株の大腸菌の配列を,BLASTによって収集し,大腸菌の38株(大腸菌O157)を含む大腸菌(大腸菌O157)の配列を得た。CRISPR FINDERオンラインソフトウェアを用いて,CRISPRの特徴を分析し,DNAMANソフトウェアを用いて間隔配列を比較し,CLUSTAL Xを用いてCAS多配列アラインメントとMEGA 5.1ソフトウェアを用いて系統樹を構築した。結果:本研究では、新しい角度で大腸菌のCAS位置について述べる。その結果,135株の全ゲノム配列,203株の鳥配列及び361株の大腸菌において,それぞれ77.04%,100.00%及び75.62%の大腸菌がCRISPR1を有することを示した。それぞれ74.81%,100.00%と%%の大腸菌がCRISPR2を持ち,それぞれ%%,0%と1.39%の大腸菌がCRISPR3とCRISPR4を持っていた。GENBANKデータベースでダウンロードした全ゲノム配列の1株と本実験室で配列した2株の大腸菌には4つのCRISPR部位が存在した。CASを欠くCRISPR1下流に挿入配列が存在する。699株の大腸菌のうち,8株はO55であった。H7,180株の:H7,8株の:HNM,40株は0104:であった。H4,4株は0145:であった。H28には独特なCRISPRがある。間隔配列の欠失はCRISPRの中間に発生した。IEととのCASに基づいて系統樹を構築し、いずれも2種類に分けることができる。結論:大腸菌のCASは,大腸菌または大腸菌を同定するための分子マーカーとして用いることが可能である。間隔配列の欠失または獲得はファージに関連している可能性がある。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ソフトウェア ,  データベース ,  挿入配列 ,  大腸菌O157 ,  系統樹 ,  *大腸菌 ,  バクテリオファージ
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  配列アライメント ,  CRISPR配列 ,  BLAST ,  *分子マーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Escherichia coli ,  Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/cas ,  Molecular biomarker

分類 (4件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  微生物生理一般  (EG03051L)

タイトルに関連する用語 (5件)： CAS ,  大腸菌 ,  分子マーカー ,  モニタリング ,  研究