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J-GLOBAL ID：201702226903618696   整理番号：17A0187536

ロングリードシークエンシングを用いたタマネギ(Allium cepa)のドラフトリファレンス転写産物の構築

Construction of a draft reference transcripts of onion (Allium cepa) using long-read sequencing

著者 (14件)： Sohn Seong-Han (Genomics Division, NAS, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Ahn Yul-Kyun (Vegetable Division, NIHH, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Lee Tae-Ho (Genomics Division, NAS, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Lee Jong-Eun (DNA Link, Inc., Seoul, Republic of Korea) ,  Jeong Min-Hee (Genomics Division, NAS, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Seo Chae-Hwa (DNA Link, Inc., Seoul, Republic of Korea) ,  Chandra Romika (Genomics Division, NAS, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Chandra Romika (Department of Biology, Kunsan National University, Gunsan, Republic of Korea) ,  Kwon Young-Seok (Vegetable Division, NIHH, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Kim Cheol-Woo (Vegetable Division, NIHH, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Kim Do-Sun (Vegetable Division, NIHH, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Won So-Youn (Genomics Division, NAS, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Kim Jung Sun (Genomics Division, NAS, RDA, Jeonju, Republic of Korea) ,  Choi Dongsu (Department of Biology, Kunsan National University, Gunsan, Republic of Korea)
資料名： Plant Biotechnology Reports  (Plant Biotechnology Reports)
巻： 10  号： 6  ページ： 383-390  発行年： 2016年11月 
JST資料番号： W2417A  ISSN： 1863-5466  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： タマネギ(Allium cepa)の無傷で完全長のRNA転写物を得るために,ロングリードシークエンシングを初めて応用した。紫タマネギおよび黄色いタマネギ(A.cepa)の4つの組織,すなわち花,葉,球根および根から抽出された総RNAを,ロングリードシークエンシング(RSIIプラットフォーム,P4-C2化学)を用いてシークエンスした。98,826の洗練された高品質のアイソフォームはコンセンサスコーリング,品質フィルタリング,配向検証,誤読のヌクレオチドの補正およびドットマトリックスビューの配列補正プロセスにより生成された。続いてドットマトリックスビューを用いて,人工的な逆向き反復(IRs)を除去したが,その結果,421のIRsが除去された。残りの98,826のアイソフォームは,余分なアイソフォームの除去プロセスにより35,505まで濃縮された。35,505のアイソフォームの完全性,完全長のアイソフォームの比率,アイソフォームへのショートリードマッピングおよび4組織間で異なって発現されている遺伝子を,組織を通じた遺伝子オントロジーとともに解析した。結果として,35,505のアイソフォームが高い完全性のアイソフォームの集合体であることが確認され,ロングリードシークエンシングにより構築されたドラフトリファレンス転写産物(DRTs,ver1.0)として表した。Copyright 2016 Korean Society for Plant Biotechnology and Springer Japan Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *タマネギ ,  花 ,  葉 ,  鱗茎 ,  根 ,  *RNA【核酸】 ,  *遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列 ,  オントロジー
準シソーラス用語： *RNAシークエンシング ,  球根 ,  *転写産物

著者キーワード (5件)： RNA transcripts ,  Onion ,  Isoforms ,  Long-read sequencing ,  Differentially expressed genes

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (6件)： タマネギ ,  Allium ,  ドラフト ,  リファレンス ,  転写産物 ,  構築