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J-GLOBAL ID：201702227824625041   整理番号：17A0142985

癌トランスクリプトーム配列決定における発癌性キメラ転写物のスクリーニングへの新しいスコアリング推定量【Powered by NICT】

A novel scoring estimator to screening for oncogenic chimeric transcripts in cancer transcriptome sequencing

著者 (5件)： Jian-lei Gu (Shanghai Institute of Medical Genetics, Shanghai Children’s Hospital, Shanghai Jiao Tong University, 200040, China) ,  Yao Lu (Shanghai Institute of Medical Genetics, Shanghai Children’s Hospital, Shanghai Jiao Tong University, 200040, China) ,  Shi-yi Liu (Shanghai Institute of Medical Genetics, Shanghai Children’s Hospital, Shanghai Jiao Tong University, 200040, China) ,  Cong Liu (Department of Bioengineering, Bioinformatics Program, University of Illinois at Chicago, 60607, USA) ,  Hui Lu (Shanghai Institute of Medical Genetics, Shanghai Children’s Hospital, Shanghai Jiao Tong University, 200040, China)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 1800-1805  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： キメラ転写物の種々のゲノム情報に基づいて,最近の研究は,キメラ転写物の発癌性を予測するための機械学習法を利用しているが,これらの研究はこれらのキメラ転写物の転写署名を無視した。クローン進化理論に基づいて,キメラ転写物は発癌性である「ドライバ」変異である可能性が高いことを仮定し,このキメラ変異を有する腫瘍細胞は特に腫瘍の他の腫瘍細胞よりも大きなクローンサイズを持っている。トランスクリプトームシーケンシングデータにおける腫瘍細胞の残りにキメラ転写産物を有するサブクローンの比を推定するために,iFCR(内部融合クローン比)と呼ばれる新しい方法を提案した。この仮説を評価するために,著者らは二公共癌トランスクリプトーム配列決定データセット上でiFCR法,乳癌細胞系と隣接正常組織と前立腺腫瘍の他を適用した。著者らの結果は,腫瘍試料におけるキメラ転写物は正常組織よりも高いiFCR値を持つように見えることを示し,最も頻度の高い前立腺癌融合変異,TMPRSS2-ERGは,全ての三つの独立した患者における著しく高いiFCR値を有していた。著者らの研究は,癌研究におけるスクリーニング発癌キメラ転写物のための新しい観点を与えた。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： クローン ,  腫瘍細胞 ,  *キメラ ,  機械学習 ,  *スクリーニング ,  腫瘍 ,  前立腺腫瘍 ,  *トランスクリプトーム ,  *発癌 ,  患者 ,  *発癌性
準シソーラス用語： 乳癌細胞 ,  転写産物 ,  クローン進化 ,  ゲノム情報 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 癌 ,  トランスクリプトーム ,  発癌性 ,  キメラ ,  転写 ,  スクリーニング ,  スコア ,  推定量