文献

J-GLOBAL ID：201702228395498144   整理番号：17A0300710

異なる倍数性のハンノキ属植物のトランスクリプトーム配列決定と分析【JST・京大機械翻訳】

Analysis on Transcriptome Sequenced for Alnus Plants with Different Ploidy

著者 (5件)： Rao Longbing (Research Institute of Subtropical Forestry, CAF) ,  Yang Hanbo (Research Institute of Subtropical Forestry, CAF) ,  Guo Hongying (Sichuan Academy of Forestry) ,  Duan Hongping (College of Resources and Environmental, Yunnan Agricultural University) ,  Chen Yitai (Research Institute of Subtropical Forestry, CAF)
資料名： Fenzi Zhiwu Yuzhong  (Fenzi Zhiwu Yuzhong)
巻： 14  号： 11  ページ： 3047-3055  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2681A  ISSN： 1672-416X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では、ILLUMINAハイスループット配列測定技術を用い、3種類の倍数性のハンノキ植物混合サンプルに対してトランスクリプトーム配列決定を行い、バイオインフォマティクス法を用いて遺伝子発現プロファイルの研究、機能遺伝子の予測を行った。配列分析の結果は,85BPの長さとUNIGENEBPの長さを得た。機能的アノテーションからNR,NT,SWISS-PROT,KEGG,COG,GOののは,それぞれ45,,,,,,,,および30であった。すべてのアノテーションにおけるUNIGENEは48 204個であった.KEGG PATHWAYデータベースにより,ハンノキトランスクリプトームのCONTIGに対し,生物学的経路のアノテーションと予測を行い,25個のUNIGENEの対応する機能を同定し,128個の生物学的経路に関連した。SSRの発見により、85 769個のUNIGENEから8個のSSR遺伝子座が見つかり、UNIGENE%の割合を占めることが分かった。その中で,ジヌクレオチド反復の割合が最も高く,65.87%に達し,次いでトリヌクレオチド反復であり,%,四,五,ヘキサヌクレオチド反復型の数は少なく,合計%であった。SSRの異なる反復ユニットの中で、出現頻度が最も高いのは/であり、その次はAAGとATである。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ハンノキ属 ,  アノテーション ,  *トランスクリプトーム ,  データベース ,  *ハンノキ
準シソーラス用語： 出現頻度 ,  KEGG ,  配列解析 ,  遺伝子発現プロファイリング ,  バイオインフォマティクス ,  ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Alnus ,  Transcriptome sequence ,  Illumina ,  SSR

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 倍数性 ,  ハンノキ属 ,  植物 ,  トランスクリプトーム ,  分析