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J-GLOBAL ID：201702228493758356   整理番号：17A0351930

アグロバクテリウム媒介形質転換イネの遺伝的変異特性の全ゲノム解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide profiling of genetic variation in Agrobacterium-transformed rice plants

著者 (7件)： Li Wenxu (Institute of Crop Sciences, Zhejiang University) ,  Wu Sanling (Analysis Center of Agrobiology and Environmental Sciences, Faculty of Agriculture, Life and Environment Sciences, Zhejiang University) ,  Liu Yanhua (Institute of Crop Sciences, Zhejiang University) ,  Jin Gulei (Hangzhou Guhe Information and Technology Co., Ltd.) ,  Zhao Haijun (Institute of Crop Sciences, Zhejiang University) ,  Fan Longjiang (IBM Biocomputational Laboratory, Institute of Crop Sciences, Zhejiang University) ,  Shu Qingyao (Institute of Crop Sciences, Zhejiang University)
資料名： Journal of Zhejiang University - Science B. Biomedicine & Biotechnology  (Journal of Zhejiang University - Science B. Biomedicine & Biotechnology)
巻： 17  号： 12  ページ： 992-1004  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1572A  ISSN： 1673-1581  CODEN： JZUSAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的;遺伝子組換えイネの全ゲノムにおけるワイド変異の特徴と頻度を明らかにした。革新点:単一ヌクレオチド分解能により,アグロバクテリウム媒介形質転換イネ植物の全ゲノムレベルにおける遺伝的変異のタイプと頻度及び外因性DNAの統合パターンを明らかにした。方法;5つのT_0世代のトランスジェニックイネ系統のゲノム配列をILLUMINA HISEQ2000によって測定した。生物情報学分析とポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の増幅、及びSANGERシークエンシングにより、著者らは一塩基多型(SNP)とINDELの変化タイプと数量を検査・検証した。転移DNA(T-DNA)及びそのベクター骨格配列とトランスポゾン統合部位及び特徴,大フラグメントの構造変異などの遺伝的変異。結論;結果により、アグロバクテリウム媒介の水稲の遺伝形質転換は、T-DNAが水稲ゲノムに整合する以外、ベクター骨格の統合現象も存在することが分かった。各遺伝子組換え水稲遺伝子組の変異(SNPと小フラグメントの欠損挿入)の数は338-1774であり、報告された組織培養過程で発生した変異と類似している。遺伝子組換えイネのゲノムにはTOS17トランスポゾンの数の変化しか存在せず、その他のトランスポゾンの数と位置の変化は検出されなかった。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： トランスポゾン ,  *形質転換 ,  PCR法 ,  *ゲノム ,  水稲 ,  DNA【核酸】 ,  一塩基多型 ,  ベクター ,  T-DNA ,  バイオインフォマティクス ,  トランスジェニックイネ ,  *遺伝的変異 ,  *アグロバクテリウム属 ,  遺伝的組換え ,  遺伝子 ,  *微生物
準シソーラス用語： *変異 ,  *Agrobacterium ,  遺伝子組換 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Genome-wide profiling ,  genetic variation ,  Agrobacterium-transformed rice plants

分類 (2件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 形質転換 ,  イネ ,  遺伝的変異 ,  全ゲノム解析