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J-GLOBAL ID：201702228596585571   整理番号：17A0210022

MSAProbs-MPI 分布記憶システムに対するパラレル多重配列アライナ

MSAProbs-MPI: parallel multiple sequence aligner for distributed-memory systems

著者 (4件)： GONZALEZ-DOMINGUEZ Jorge (Universidade da Coruna, A Coruna, ESP) ,  LIU Yongchao (Georgia Inst. of Technol., GA, USA) ,  TOURINO Juan (Universidade da Coruna, A Coruna, ESP) ,  SCHMIDT Bertil (Johannes Gutenberg Univ. Mainz, Mainz, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 32  号： 24  ページ： 3826-3828  発行年： 2016年12月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： MSAProbsは,隠れMarkovモデルに基づいた蛋白質配列アラインメントツールである。本報告では,通常のマルチコアCPUクラスタの計算能力を利用することにより実行時間を減少させることができマルチスレッドMSAProbsツールの分布記憶パラレルバージョン,MSAProbs-MPIを示した。典型的インプットデータセットに対する実行時間の大きな減少を32ノードのクラスタにおける性能評価が示した。

シソーラス用語： *隠れMarkovモデル ,  *遺伝学実験技術 ,  *アミノ酸配列 ,  *アラインメント ,  *記憶方式 ,  マイクロプロセッサ ,  マルチプロセッサシステム ,  計算機アーキテクチャ ,  クラスタ ,  時間 ,  プログラム実行 ,  マルチスレッド ,  入力 ,  集合 ,  データ ,  ネットワークアーキテクチャ ,  通信網
準シソーラス用語： *蛋白質配列解析 ,  *配列アラインメント ,  *記憶システム ,  マルチコアCPU ,  実行時間 ,  インプット ,  データセット ,  ノード【通信】

分類 (3件)： 統計的品質管理  (KB04030W) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  記憶装置  (JC04060F)

タイトルに関連する用語 (6件)： MPI ,  分布 ,  記憶システム ,  パラレル ,  多重 ,  アライナ