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J-GLOBAL ID：201702231268441672   整理番号：17A0323572

蛋白質推論:蛋白質定量化の展望【Powered by NICT】

Protein inference: A protein quantification perspective

著者 (7件)： He Zengyou (School of Software, Dalian University of Technology, Dalian, China) ,  He Zengyou (Key Laboratory for Ubiquitous Network and Service Software of Liaoning, Dalian, China) ,  Huang Ting (College of Computer and Information Science, Northeastern University, USA) ,  Liu Xiaoqing (School of Software, Dalian University of Technology, Dalian, China) ,  Zhu Peijun (School of Software, Dalian University of Technology, Dalian, China) ,  Teng Ben (School of Software, Dalian University of Technology, Dalian, China) ,  Deng Shengchun (School of Computer Science and Engineering, Harbin Institute of Technology, China)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 63  ページ： 21-29  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析に基づいたショットガンプロテオミクスでは,蛋白質定量と蛋白質同定は,二つの主要な計算問題である。蛋白質豊度を定量化するために,蛋白質のリストは,第一に生データから推定しなければならない。相対的または絶対的蛋白質量は定量法,スペクトル計数などで評価した。これまで,ほとんどの研究者は,これらの二つのプロセスを別々に処理した。事実,蛋白質推論問題は真に存在する蛋白質は,その豊度は零例でない蛋白質であるという意味で特殊な蛋白質定量化問題とみなすことができる。最近発表された論文は概念的にこの可能性を議論した。しかし,この仮説を検証するための厳密な実験的研究がまだ不足している。本論文では,著者らは蛋白質推論問題を解くための蛋白質定量法を用いることの実現可能性を調べた。蛋白質推論法は,各候補蛋白質である試料中に存在するかどうかを決定することを目的とした。蛋白質定量法は,各推定蛋白質の豊度値を推定した。当然,存在しない蛋白質の豊度値はゼロである必要がある。このようにして,その豊度は零でなければ蛋白質推論問題を,1つの蛋白質が存在すると考えられている特殊な蛋白質定量化問題と見なすことができることを論じた。このアイデアに基づいて,本論文では蛋白質推論問題を効果的に解くために三つの単純な蛋白質定量法を使用することを試みた。六データセット上での実験結果は,これら三つの方法は以前の蛋白質推論アルゴリズムと比肩可能であることを示した。は特別な蛋白質定量,定量の観点からより効果的な蛋白質推論アルゴリズムを考案の扉を開く蛋白質推論問題をモデル化するために妥当であることを示した。提案手法のソースコードで:http://code.google.com/p/protein inference/利用可能である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  質量分析 ,  定量分析 ,  モデリング ,  スペクトロメータ ,  *タンパク質
準シソーラス用語： ソースコード ,  実験研究 ,  蛋白質量 ,  生データ ,  ショットガンプロテオミクス ,  *蛋白質定量 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ショットガンプロテオミクス ,  蛋白質推論 ,  蛋白質定量化 ,  スペクトル計数 ,  線形計画法

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質 ,  推論 ,  蛋白質定量 ,  展望