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J-GLOBAL ID：201702231991514877   整理番号：17A0064360

花柄トランスクリプトームにおけるSSR情報とアベイラビリティ分析【JST・京大機械翻訳】

Analysis of SSR Information in Transcriptome and Their Usability in Flowering Chinese Cabbage

著者 (7件)： Li Ronghua (International Crop Research Center for Stress Resistance,College of Life Sciences,Guangzhou University) ,  Wang Zhiliang (International Crop Research Center for Stress Resistance,College of Life Sciences,Guangzhou University) ,  Chen Jingfang (International Crop Research Center for Stress Resistance,College of Life Sciences,Guangzhou University) ,  Xia Yanshi (International Crop Research Center for Stress Resistance,College of Life Sciences,Guangzhou University) ,  Guo Peiguo (International Crop Research Center for Stress Resistance,College of Life Sciences,Guangzhou University) ,  Zhang Hua (Guangzhou Academy of Agricultural Sciences) ,  Kadambot Siddique (The Institute of Agriculture, The University of Western Australia)
資料名： Yuanyi Xuebao  (Yuanyi Xuebao)
巻： 43  号： 9  ページ： 1816-1824  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1457A  ISSN： 0513-353X  CODEN： YUHPAA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 花柄 MBの配列解析により,48(MB MB)の配列データを分析し,MICROSATELLITE(ツール)を用いて,1~6ヌクレオチド反復型をもつSSR遺伝子座11個を発見した。SSR遺伝子座の頻度は1/3.2KB(312.5/MB)であった。6つのSSR遺伝子座の1つは3つのヌクレオチド反復を含み,全SSRの数%を占め,それらの中で単一,二,およびトリヌクレオチドの型はそれぞれ%%,%%,および%%であった。反復配列のモチーフは58個であり、反復回数は5~23の間にあり、その中に出現頻度の高いモチーフは主にA/T、/、,、,、AAGとAGG/CCTである。反復配列の長さは10~60BPの間にあり、20BPより小さく、20BPより大きいのは7.9%(938個のSSR遺伝子座)のみであった。潜在的多型のSSRプライマー組合せを設計し,その中でランダムに30対のプライマーを抽出し,その利用性を検証し,22対のプライマーが4つの菜薹種質の中で増幅産物のバンドは安定で,そのうち12対は多型であることを発見した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *トランスクリプトーム ,  ヌクレオチド ,  *アベイラビリティ
準シソーラス用語： アンプリコン ,  トリヌクレオチド ,  配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： flowering Chinese cabbage ,  transcriptome ,  SSR ,  usability analysis

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 花柄 ,  トランスクリプトーム ,  SSR ,  アベイラビリティ ,  分析