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J-GLOBAL ID：201702233063220975   整理番号：17A0036218

Fアクチンに対するククルビタシンEの結合様式を描写するためのドッキング,分子動力学およびQM/MM研究

Docking, molecular dynamics and QM/MM studies to delineate the mode of binding of CucurbitacinE to F-actin

著者 (6件)： Kumar R. Pravin (Research and Development Centre, Bharathiar University, Coimbatore, India) ,  Kumar R. Pravin (Polyclone Bioservices, Bangalore, India) ,  Roopa L. (Research and Development Centre, Bharathiar University, Coimbatore, India) ,  Nongthomba Upendra (Department of Molecular Reproduction Development and Genetics, Indian Institute of Science, Bangalore, India) ,  Sudheer Mohammed M.M. (Department of Botany, Government Arts College, Coimbatore, India) ,  Kulkarni Naveen (Polyclone Bioservices, Bangalore, India)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 63  ページ： 29-37  発行年： 2016年01月 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： FアクチンとCurE(ククルビタシンE)のドッキングした複合体のMDシミュレーション後のQM/MMおよびDFTシミュレーションを介して,マイケル反応の詳細な遷移状態(TS)モデルを提案した。TSモデルは,CurEのマイケル受容体のβ炭素におけるCys257の硫黄の求核攻撃を示し,これは,CurEと共有結合を形成するエノール中間体を生成する。MDの結果は,遊離形態のFアクチンの構造と,CurEと複合したFアクチンの構造に明確な相違を示した。CurEは,ヌクレオチド結合ポケットの立体構造に影響を及ぼし,FアクチンとADPとの結合親和性を増加し,これは次にヌクレオチド交換に影響を及ぼす可能性がある。CurE結合はまた,Fアクチンの比較的フレキシブルなドメイン1の相関移動を制限して,蛋白質が平坦な構造を保持し,安定な「緊張」状態に変換させる。この構造変化は,Fアクチンの解重合を阻害する可能性がある。結論として,CurEは,ADPをアロステリックに調節し,Fアクチン構造を安定化し,それによってFアクチンのヌクレオチド交換および解重合に影響を及ぼす。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *アクチン ,  *結合 ,  *分子動力学 ,  分子内力学 ,  密度汎関数法 ,  Michael反応 ,  エノール ,  ヌクレオチド ,  立体構造 ,  反応性
準シソーラス用語： Fアクチン ,  量子力学/分子力学法 ,  DFT【関数】 ,  求核性

著者キーワード (5件)： Actin depolymerization ,  Cucurbitacin ,  DFT simulation ,  Motional correlation ,  Quantum mechanics

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  高分子の立体構造  (CG02031G)

物質索引 (1件)： ククルビタシンE

タイトルに関連する用語 (6件)： Fアクチン ,  ククルビタシンE ,  様式 ,  ドッキング ,  分子動力学 ,  研究