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J-GLOBAL ID：201702236394502818   整理番号：17A0142968

ウイルスカプシド集合のエネルギー論の不確実性定量化計算解析【Powered by NICT】

Uncertainty quantified computational analysis of the energetics of virus capsid assembly

著者 (3件)： Clement Nathan (Department of Computer Science, The University of Texas at Austin, 78712, United States) ,  Rasheed Muhibur (Department of Computer Science, The University of Texas at Austin, 78712, United States) ,  Bajaj Chandrajit (Department of Computer Science, The University of Texas at Austin, 78712, United States)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 1706-1713  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ウイルスカプシドのアセンブリー経路予測/解析における既存の研究の大部分は中間状態の配置は全カプシドの最終配置から直接抽出できるという単純化した仮定を行った。この仮定は構成蛋白質の立体配座変化と安定化まで組立工程を通して持続することを結合界面にわずかな変化を考慮していない。本論文では,各単量体のための配置空間と単量体間の相対的局所配向の十分な試料を提供し,それらの結合と立体配座の不確実性を捕捉する統計的アンサンブルベースアプローチを提案した。さらに,ビルディングブロックとして大きなカプソマー(三量体,五量体)を用いる代わりに,すべての可能なサブアセンブリは,全ての可能な組合せで結合を可能にする。はこの集合グラフ二種類の方法を示した。最初の,可能性のある経路を予測するためのサンプルとした立体配座上で計算された結合自由エネルギーの分布を比較するためにウィルコクソン符号順位尺度を用いた。第二に,両会合と解離は濃度と結合自由エネルギーに基づいてモデル化し,Bayes因子グラフとして転移の化学平衡様相を表している。これら実験の両方からの結果は,蛋白質の静的配置のみを考慮した場合,得られるものからの有意な逸脱を示した。,経路解析のための不確実性認識のあるプロトコルの重要性を確立し,高い統計的信頼を持つ組立経路予測に向けた重要な第一段階として統計的枠組みを提供する。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 三量体 ,  配座転移 ,  中間状態 ,  立体配座 ,  簡素化 ,  界面 ,  *カプシド ,  プロトコル ,  モデリング ,  単量体 ,  *不確実性
準シソーラス用語： 因子グラフ ,  結合自由エネルギー ,  五量体 ,  ビルディングブロック , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： ウイルスカプシド ,  集合 ,  エネルギー ,  不確実性 ,  定量化 ,  計算 ,  解析