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J-GLOBAL ID：201702239197013217   整理番号：17A0357574

トランスクリプトーム配列に基づくクスノキSSRマーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Development of SSR Markers Based on Transcriptome Sequence of Phoebe zhennan

著者 (5件)： Shi Xiaodong (College of Life Sciences,Sichuan University) ,  Zhu Xuehui (Forestry Bureau of Leibo County,Sichuan Province) ,  Sheng Yuzhen (Sichuan Academy of Forestry) ,  Zhuang Guoqing (Sichuan Academy of Forestry) ,  Chen Fang (College of Life Sciences,Sichuan University)
資料名： Linye Kexue  (Linye Kexue)
巻： 52  号： 11  ページ： 71-78  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2424A  ISSN： 1001-7488  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】クスノキ トランスクリプトームのトランスクリプトームデータを分析することによって,クスノキのSSRマーカーを開発し,クスノキの遺伝的多様性の分析と資源保護のための保障を提供する。[方法]クスノキのハイスループットトランスクリプトーム配列により得られた67331のUNIGENEを簡単な反復配列(SSR)の遺伝子座の発掘と分析を行い、そして、プライマーの検証を結合し、その実行可能性を初歩的に証明した。【結果】ソフトウェア分析により,9のSSR遺伝子座が得られ,その頻度は13.1であった。97%,配列の数は6本であり,発生頻度は9であった。90%。SSR配列には166種類の反復モチーフがあり,その中で,単一ヌクレオチド,ジヌクレオチドおよびトリヌクレオチドは優性反復型であり,SSRの数はそれぞれ3(41.7%),2(30%)であった。2 489( 46%)。SSR遺伝子座の反復回数の差は大きく、そのうち10回の反復率が最も高く、SSRの数は1 621( 24%)で、その次は5回(1 549、16 47%)と6回(1 495、 90 %)であった。反復モチーフのタイプはA/T( %),,(27%),AAG(11%)であった。多型分析の方法を用いて,SSRマーカーがクスノキマーカーにおける実行可能性を予備的に検証した。同時に,プライマー 3を利用した。0対のプライマーを設計し、ランダムに18対の検証を行い、9対のプライマーは予期した大きさのバンドを増幅することができた。[結論]クスノキのハイスループットトランスクリプトーム配列のSSR情報を研究することにより、6本のSSR配列が得られ、優性反復型はA/T、/とAAGであった。ランダムに18対のプライマーを選び、SSR分子マーカー方法に対して検証を行った。本論文では、クスノキのSSRマーカーに関する研究は、クスノキ遺伝子のマイニング、分子マーカーの育種と資源の保護に役立つ。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  優性 ,  ヌクレオチド ,  ジヌクレオチド ,  *トランスクリプトーム ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  再現率 ,  トリヌクレオチド ,  資源保護 ,  遺伝多様性 ,  *マイクロサテライトマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Phoebe zhennan ,  transcriptome ,  SSR

分類 (4件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  果樹  (FC03042G)

タイトルに関連する用語 (4件)： トランスクリプトーム ,  クスノキ ,  SSRマーカー ,  開発