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J-GLOBAL ID：201702240482171487   整理番号：17A0412209

自我ネットワークに基づく間葉系幹細胞のTGFβ3誘導軟骨形成に関与する調査自我モジュール【Powered by NICT】

Investigating ego modules involved in TGFβ3-induced chondrogenesis in mesenchymal stem cells based on ego network

著者 (6件)： Wu Jing-Guo (Department of Orthopedics, Affiliated Hospital of Taishan Medical University, Tai’an, 271000, Shandong Province, China) ,  Jia Qing-Wei (Department of Orthopedics, Affiliated Hospital of Taishan Medical University, Tai’an, 271000, Shandong Province, China) ,  Li Yong (Department of Orthopedics, Tai’an Centre Hospital Branch, Tai’an, 271000, Shandong Province, China) ,  Cao Fei-Fei (Department of Orthopedics, Tai’an Centre Hospital Branch, Tai’an, 271000, Shandong Province, China) ,  Zhang Xi-Shan (Department of Orthopedics, Affiliated Hospital of Taishan Medical University, Tai’an, 271000, Shandong Province, China) ,  Liu Cong (Department of Orthopedics, Tai’an Centre Hospital, Tai’an, 271000, No.29 on Longtan Road, Shandong Province, China)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 65  ページ： 16-20  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 自我ネットワークアルゴリズムを用いた間葉系幹細胞(MSC)のTGFβ3誘導軟骨形成のための自我モジュールを検討した。自我ネットワークアルゴリズムは三つの部分で構成され,遺伝子発現データおよび蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)データに基づく差分発現ネットワーク(DEN)を抽出する再重みづけDENによる自我遺伝子を探索する自我遺伝子展開による自我モジュールを探索した。その後,並べ替え検定は自我モジュールの統計的有意性を評価するために行った。最後に,経路濃縮分析は,自我モジュールにより濃縮された自我経路を調べるために行われた。全15自我の遺伝子がDENから得られ,PSMA4,HNRNPMとWDR77など。各自我遺伝子から出発して,15種類の候補モジュールが得られた。受信者動作特性曲線(AUC)≧0.9と遺伝子サイズ≧4下面積のしきい値を設定する場合に,三自我モジュール(モジュール3,モジュール8とモジュール14)を同定し,それらの全てはMSCにおける正常およびTGFβ3誘導軟骨形成の間の統計的意義を有していた。確認された経路データベースモジュール遺伝子をマッピングすることにより,それらの自我経路を検出し,Cdc20:ホスホAPC/Cはモジュール14のモジュール8のためのモジュール3,有糸分裂G1G1/S相,m RNAスプライシングのためのサイクリンAの分解を仲介した。三自我モジュール,その統計的重要性評価の同定に成功し,またそれらの機能的濃縮自我経路を調べた。知見は,可能性のあるバイオマーカーを提供し,この過程の下にある分子機構を明らかにするために大きな洞察を与えるかもしれない。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 有糸分裂 ,  重みづけ ,  *間葉系幹細胞 ,  バイオマーカー ,  遺伝子 ,  mRNA ,  *ネットワーク
準シソーラス用語： 分子機構 ,  サイクリンA ,  Cdc20蛋白質 ,  ROC曲線 ,  蛋白質間相互作用 ,  ネットワークアルゴリズム ,  *軟骨形成 ,  *TGFβ3 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 間葉系幹細胞 ,  TGFβ3 ,  遺伝子発現 ,  自我 ,  モジュール ,  ネットワーク ,  Pathway

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 自我 ,  間葉系幹細胞 ,  TGFβ3 ,  誘導 ,  軟骨形成 ,  調査 ,  モジュール