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J-GLOBAL ID：201702241487750869   整理番号：17A0142841

対H MM前方アルゴリズムの代替GPU実装の探索【Powered by NICT】

Exploration of alternative GPU implementations of the pair-HMMs forward algorithm

著者 (3件)： Shanshan Ren (Computer Engineering Lab, Delft University of Technology, 2628CD,The Netherlands) ,  Bertel Koen (Computer Engineering Lab, Delft University of Technology, 2628CD,The Netherlands) ,  Al-Ars Zaid (Computer Engineering Lab, Delft University of Technology, 2628CD,The Netherlands)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 902-909  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング(NGS)プラットホームによって発生させた膨大な生データを取り扱うために,GPUを用いて,アルゴリズムを高速化するための多くの遺伝的解析ツールとして広く使われている。本論文では,対HMM前方アルゴリズム,使用される多くのゲノミクス解析ツールの全体的な整列確率を計算を加速するためのGPUを使用した。GPUプラットフォーム上でのその有効性に従った対HMMフォワードアルゴリズムを加速するために,二種の異なる実装方法を評価した。これらの二つの方法に基づいて,対HMM前方アルゴリズムのいくつか実装を提示した。異なるデータセットを用いたNVIDIA Tesla K40カードにこれらの実装を実行性能を比較した。実験結果内タスクの実装は,ほとんどの場合,最高のスループットを持ち,合成データセットに対して23.56GCUPSを純粋な計算スループットを達成することを示した。実データセットについて,タスク間実装はコアPOWER8TMシステム上で実行される並列化ソフトウェア実装と比較して4.82倍のスピードアップを達成した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： ソフトウェア ,  高速化 ,  アラインメント ,  *アルゴリズム ,  スループット
準シソーラス用語： 解析ツール ,  ゲノミクス ,  遺伝子解析 ,  生データ ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 専用演算制御装置  (JC04030Y) ,  人工知能  (JE08000Z) ,  計算機システム開発  (JD02010R)

タイトルに関連する用語 (5件)： アルゴリズム ,  代替 ,  GPU ,  実装 ,  探索