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J-GLOBAL ID：201702243143305471   整理番号：17A0349982

統合遺伝子発現,相同分子種,および細胞内局在性情報を用いた必須蛋白質同定のための信頼性のある近傍準拠法【Powered by NICT】

A Reliable Neighbor-Based Method for Identifying Essential Proteins by Integrating Gene Expressions, Orthology, and Subcellular Localization Information

著者 (6件)： Li Min (the School of Information Science and Engineering, Central South University) ,  Niu Zhibei (the School of Information Science and Engineering, Central South University) ,  Chen Xiaopei (the School of Information Science and Engineering, Central South University) ,  Zhong Ping (the School of Information Science and Engineering, Central South University) ,  Wu Fangxiang (Department of Mechanical Engineering and Division of Biomedical Engineering, University of Saskatchewan) ,  Pan Yi (Department of Computer Science, Georgia State University)
資料名： Tsinghua Science and Technology  (Tsinghua Science and Technology)
巻： 21  号： 6  ページ： 668-677  発行年： 2016年 
JST資料番号： W1517A  ISSN： 1007-0214  CODEN： TSTEF7  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 必須蛋白質である種の生存や繁殖に必要なそのような必須蛋白質を発見細胞生命のための最小要求,疾患研究とドラッグデザインへの意味もあることを理解するために基本的なことである。ハイスループット技術の発展に伴い,多数の蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)のは,ネットワークレベルで必須蛋白質を同定するために使用できる。これまで,一連のネットワークに基づく計算法が提案されているが,PPIネットワークにおける高い偽陽性としての予測精度を改善するための課題である。本論文では,遺伝子発現,オーソロジーおよび細胞内局在化情報を統合することによって必須蛋白質を同定するための新しい方法GOSを提案した。遺伝子発現と細胞内局在性情報を用いて,PPIネットワークにおける隣接が信頼できるかどうかを決定することである。PPIネットワークにおける蛋白質の位相幾何学的特性を解析するときのみ信頼できる近隣を考察した。も保存特徴を反映するために,各蛋白質のオーソロガス属性を解析し,ランダムウォークモデルを用いた蛋白質のトポロジカル特性とそのオルソロジーを統合した。酵母PPIネットワーク上での実験結果により,提案した方法GOSを,既存の十の方法DC,BC,CC,SC,EC,IC,NC,PeC,ION,CSCより優れていることを示した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 信頼性 ,  ネットワーク ,  ドラッグデザイン ,  *タンパク質 ,  酵母 ,  *遺伝子発現 ,  位相
準シソーラス用語： 予測精度 ,  誤検出 ,  蛋白質間相互作用 ,  ハイスループット ,  *細胞内局在 ,  *オルソログ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 必須蛋白質 ,  信頼できる近隣 ,  GOS ,  オルソロジー ,  細胞内局在情報

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (6件)： 統合 ,  遺伝子発現 ,  相同分子種 ,  細胞内局在性 ,  蛋白質同定 ,  近傍