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J-GLOBAL ID：201702244148614565   整理番号：17A0356570

ハンノキトランスクリプトーム配列に基づくSSR分子マーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Development of SSR Molecular Markers Based on Transcriptome Sequences of Alnus

著者 (5件)： Rao Longbing (Research Institute of Subtropical Forestry,Chinese Academy of Forestry) ,  Yang Hanbo (Research Institute of Subtropical Forestry,Chinese Academy of Forestry) ,  Guo Hongying (Sichuan Academy of Forestry) ,  Duan Hongping (College of Resources and Environment,Yunnan Agricultural University) ,  Chen Yitai (Research Institute of Subtropical Forestry,Chinese Academy of Forestry)
資料名： Linye Kexue Yanjiu  (Linye Kexue Yanjiu)
巻： 29  号： 6  ページ： 875-882  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2425A  ISSN： 1001-1498  CODEN： LKYAEB  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： [目的]本研究の目的は,トランスクリプトームデータに基づくハンノキの樹種のSSRマーカーを開発し,トランスクリプトーム配列における分布パターンと特性を明らかにし,ハンノキの樹種の分子マーカー支援育種のための有用なツールを提供することである。[方法]MICROSATELLITE(ソフトウェア)ソフトウェアを用いて、すべてのトランスクリプトーム配列に対してSSRS検索を行い、SSR遺伝子座の数量、分布特徴に対して統計分析を行った。100対のSSRプライマーを設計し,アガロースゲル電気泳動とキャピラリー電気泳動を用いて,3つの異なる倍数性倍数性植物(12の材料)の遺伝的多様性を検出し,プライマーの多型性と汎用性を決定した。【結果】85のUNIGENES遺伝子座において8のSSR遺伝子座が見つかり,8のUNIGENESの頻度は9.67%であり,トランスクリプトームの平均長さは14.04BPであった。その中、ジヌクレオチド反復型の数量は最も多く、65.87%を占める。トランスクリプトーム 3の配列に従って,プライマー 3ソフトウェアを用いて,4対のプライマー対を設計し,100対のSSRプライマーを選択し,18対の多型性と安定性を持つSSRプライマーを得た。[結論]本研究では、多型遺伝子座を増幅できるプライマー反復ユニットは、二、トリヌクレオチド反復を主とする。ハンノキの配列に基づくSSRマーカーの開発は実行可能であり,開発したプライマーはハンノキの遺伝的多様性の分析,分子育種,遺伝地図の構築及び機能遺伝子のマイニングに豊富な候補分子マーカーを提供した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子地図 ,  統計解析 ,  *トランスクリプトーム ,  育種 ,  キャピラリー電気泳動 ,  汎用性 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： 機能遺伝子 ,  分子育種 ,  多型性 ,  遺伝多様性 ,  多倍数性 ,  マイクロサテライトマーカー ,  樹種 ,  *分子マーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Alnus ,  transcriptome ,  SSR ,  primer

分類 (3件)： 分析機器  (CC02020S) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  電気泳動分析  (CC04017K)

タイトルに関連する用語 (5件)： ハンノキ ,  トランスクリプトーム ,  SSR ,  分子マーカー ,  開発