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J-GLOBAL ID：201702248671250339   整理番号：17A0056450

DNA配列アラインメント:ハードウエア加速器と新しいコア構造のレビュー【Powered by NICT】

DNA sequence alignment: A review of hardware accelerators and a new core architecture

著者 (3件)： Nurdin D. S. (School of Microelectronic Engineering, University Malaysia Perlis, Pauh Putra Campus, Perlis, Malaysia) ,  Isa M. N. (School of Microelectronic Engineering, University Malaysia Perlis, Pauh Putra Campus, Perlis, Malaysia) ,  Goh S. H. (School of Microelectronic Engineering, University Malaysia Perlis, Pauh Putra Campus, Perlis, Malaysia)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： ICED  ページ： 264-268  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： デオキシリボ核酸(DNA)配列アラインメントは,本質的にそれらの間の類似性の領域を見つけるために目的で,二またはそれ以上のDNA配列を比較する方法。Smith-Waterman(SW)アルゴリズムであるDNA配列における変異を同定することができた局所アラインメントアルゴリズムである。しかし,前述のアルゴリズムは長いDNA配列の計算における遅くなる傾向にあった。年前では,フィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)は,DNA配列アラインメントに重要な役割を果たしている。さらに,パイプライン技術は,ハードウェア設計の性能を高速化するために用いられるよく知られた方法である。シストリックアレイ(SA)ベースのDNA配列アラインメントアーキテクチャは整列マトリックス計算の実行時間を減少させる二次線形時間複雑性であった。本報では,既存のFPGAベース配列アラインメントコアアーキテクチャは新しいSA DNA配列アラインメントコアアーキテクチャの提案続いて議論する。設計は,Xilinx Spartan-3E XC3S1600E FG3205上に合成した。結果は,開発したコアアーキテクチャである他の報告されたFPGAベース設計と比較して,速度の1.2×速いことを示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *コア構造 ,  線形性 ,  FPGA ,  ハードウェア ,  計算機アーキテクチャ ,  類似性 ,  ハードウェア設計 ,  高速化 ,  アルゴリズム ,  *DNA【核酸】 ,  シストリックアレイ
準シソーラス用語： 複雑性 ,  実行時間 ,  *DNA配列 ,  *配列アライメント , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 半導体集積回路  (NC03162T) ,  CAD,CAM  (JE10000A) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I) ,  人工知能  (JE08000Z)

タイトルに関連する用語 (6件)： DNA配列 ,  アラインメント ,  ハードウエア ,  加速器 ,  コア構造 ,  レビュー