SMITE:ゲノムおよびエピゲノム情報を統合してネットワークモジュールを識別するR/Bioconductorパッケージ

WIJETUNGA N. Ari; JOHNSTON Andrew D.; MAEKAWA Ryo; DELAHAYE Fabien; ULAHANNAN Netha; KIM Kami; GREALLY John M.

文献

J-GLOBAL ID：201702251703185433 整理番号：17A0307016

SMITE:ゲノムおよびエピゲノム情報を統合してネットワークモジュールを識別するR/Bioconductorパッケージ

SMITE: an R/Bioconductor package that identifies network modules by integrating genomic and epigenomic information

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資料名：
巻： 18 号： Jan ページ： 18:41 (WEB ONLY) 発行年： 2017年01月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:遺伝子発現や,転写,およびエピジェネティックな調節を試験する分子アッセイはますます多様化しており,多数存在している。各タイプのアッセイによって生成される情報は,個々に,試験される細胞の状態についての洞察を与える。可能であるべきことは,別個の補完的なアッセイから得られた情報を加えて,細胞状態に対するより高い信頼性の洞察を得ることである。現在,多次元の大規模なゲノムワイドデータの解析では,統合のために使用される観察可能なサブセットを作成するための初期プルーニングステップが必要となるため,交差するデータセットのサイズと生物学的洞察の可能性が低下する。著者らの「Significance-based Modules Integrating the Transcriptome and Epigenome」(SMITE)は,解像度を失うことなく転写およびエピジェネティックな調節データを統合するために開発された。結果:SMITEは,データセット内の非独立の値間の相関関係を記述することによってp値を結合し,相互作用ネットワーク内の遺伝子および遺伝子モジュールに有意性値を割り当てることを可能にする。各タイプのゲノムデータの寄与は重み付けすることができ,個別に弱いデータセットの統合を可能にし,遺伝子モジュール内の影響を検出する全体的な能力を高める。著者らは,ヒト宿主細胞に対するToxoplasma gondii感染のエピゲノムおよびトランスクリプトーム効果を含む複雑なゲノムデータセットにSMITEを適用し,SMITEが調節不全遺伝子の新規サブネットワークを同定できることを示す。さらに,著者らは,SMITEが,遺伝子発現およびエピジェネティックデータを統合するためのスピングラスアルゴリズムを使用する現在のパラダイムである機能的エピジェネティックモジュール(FEM)を上回ることを示す。結論:SMITEは,変化した細胞状態を反映する遺伝子モジュールの発見における信頼性を高めるために,ゲノムワイドアッセイからの転写およびエピジェネティックな調節データの統合を可能にする柔軟でスケーラブルなツールである。(翻訳著者抄録)

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分子・遺伝情報処理 , 遺伝子操作

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