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J-GLOBAL ID：201702251910188155   整理番号：17A0180079

Sunway TaihuLight系の分子動力学シミュレーションの実装【Powered by NICT】

Implementing Molecular Dynamics Simulation on Sunway TaihuLight System

著者 (7件)： Dong Wenqian ,  Kang Letian ,  Quan Zhe ,  Li Kenli ,  Li Keqin ,  Hao Ziyu ,  Xie Xiang-Hui
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： HPCC/SmartCity/DSS  ページ： 443-450  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学(MD)シミュレーションは,多くの研究分野における原子と分子の物理的運動を研究するための一般的なツールである。しかし,シミュレーションサイズをスケールアップする場合には,研究者が数週間から数ケ月間は単一のシミュレーションを行うために,極めて時間のかかる応用であると計算要求が増加し続けている。Sunway TaihuLightスーパコンピュータ上での改良されたMD実装は,上記課題を解決するために開発した。新しい実装では,MD応用が広く用いられている既存実装(すなわち,LAMMPS)から拡張した。Sunway TaihuLightは完全にカスタマイズされた統合アプローチと新しいメニーコアプロセッサSW26010を持つ不均一スーパーコンピュータである。Sunway TaihuLightは100PFlops以上のピーク性能を持つ世界最初に進行する。は三段階:SW26010への並列拡張,メモリアクセス最適化,ベクトル化におけるMDシミュレーションの最適化法を提案した。最適化プロセス後,単一計算ノード上で達成された8倍の高速化。卓越した,ほぼ希薄高速化に九万五千まで計算ノード(六百万コア)をスケールした。に加えて,提案した方法はまた,多くの他の分子動力学コード,または類似した応用に適用することができる。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： カスタム化 ,  *シミュレーション ,  高速化 ,  スケールアップ ,  最適化 ,  スーパコンピュータ ,  *分子動力学
準シソーラス用語： ベクトル化 ,  メモリアクセス ,  メニーコア・プロセッサ ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (2件)： 分子動力学シミュレーション ,  実装