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J-GLOBAL ID：201702254231885603   整理番号：17A0536926

高スループット配列決定に基づくDENDROBIUM 葉葉のトランスクリプトーム解析【JST・京大機械翻訳】

Sequencing and Analysis of the Transcriptome of Dendrobium officinale

著者 (7件)： Wu Chao (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences) ,  Peng Juan (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences) ,  Xiang Lin (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences) ,  Gu Min (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences) ,  Qin Dehui (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences) ,  Ding Xiaoyu (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences) ,  Guo Fangqi (Institute of Horticulture, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences)
資料名： Fenzi Zhiwu Yuzhong  (Fenzi Zhiwu Yuzhong)
巻： 14  号： 12  ページ： 3334-3346  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2681A  ISSN： 1672-416X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では,新しい 2000 2000を用いて, 2000 2000の配列解析を行い,11のヌクレオチドを得た。配列決定により得られたデータ(READS)の配列は,121BPの平均長さで,121BPの平均長さで,121BPの平均長さを有する121BPの配列を得た。バイオインフォマティクス関連データベースを用いて比較を行った結果,本測定で得られた52個のUNIGENEがデータベースに関連する機能アノテーションを検索できることを示した。GOデータベースの比較によると、配列決定により、UNIGENEの機能分類は3つの57種類の分枝に分けられ、その中に大量の大量のと細胞、触媒活性、細胞の部分、オルガネラなどの関連機能COGデータベースの比較により,配列決定により,UNIGENEの機能的アノテーションが25種類のオーソロオーソログに分類され,転写,複製,組換えと修復,翻訳,リボソーム構造および生物起源などが示された。KEGGデータベースを参考にして、配列決定により、UNIGENEは128の代謝経路の分岐、例えば脂質代謝、アミノ酸代謝、炭水化物代謝などに定位することができる。さらに,ソフトウェアを用いてSSR遺伝子座を発見し,UNIGENEから合計9のSSR遺伝子座を見つけた。SSRの異なる反復モチーフモチーフの中で,最も頻度が高いのは/であり,次はAAG,CCG/CGG,AGG/CCTであった。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *データベース ,  アミノ酸代謝 ,  オルガネラ ,  糖質代謝 ,  代謝経路 ,  アノテーション ,  リボソーム ,  脂質代謝 ,  触媒活性
準シソーラス用語： KEGG ,  生物起源 ,  バイオインフォマティクス ,  配列解析 ,  *トランスクリプトーム解析 ,  *ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Dendrobium officinale ,  Transcriptome ,  Bioinformatics ,  Gene annotation ,  Simple sequence repeat

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  免疫性疾患・アレルギー性疾患一般  (GD04010C)

タイトルに関連する用語 (4件)： 高スループット ,  Dendrobium ,  葉 ,  トランスクリプトーム解析