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J-GLOBAL ID：201702254412078633   整理番号：17A0056457

DNA配列アラインメントアルゴリズムシストリックアーキテクチャまで【Powered by NICT】

DNA sequence alignment: From algorithm to systolic architecture

著者 (10件)： Isa M. N. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Nurdin D. S. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Ahmad M. I. (School of Computer and Communication Engineering, Universiti Malaysia Perlis, Pauh Putra Campus, 02600, Perlis, Malaysia) ,  Murad S. A. Z. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Mohyar S. N. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Mahyiddin M. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Harun A. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Ismail R. C. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Jamuar S. S. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering) ,  Bahari A. (The Integrated Circuits and Systems Design Group (ICASe), School of Microelectronic Engineering)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： ICED  ページ： 304-308  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物学的配列アラインメントは,時間のかかる作業である。これはその反復配列マトリックススコア計算によるものであった。SSEARCH35は有名な「ソフトウェア」配列相同性検索ツールである。しかし,ソフトウェアは,洗練された計算機で実行される場合でも,逐次実行は二次時間計算量を必要とする。配列アラインメントは,FPGAのようなハードウェアで実行される。FPGAは,論理ゲートの海にシストリックアレイ(SA)アーキテクチャの実現を可能にした。SAは前述の問題に取り組むことが証明されている,nによるnマトリックスにおけるアラインメントマトリックススコアを計算するために必要な時間はn~2改善2n 1に大きくした。しかし,処理要素(PE)は性能スループットを増加させるために複製されるとしてSAはより多くのハードウェア資源を必要とする。本論文では,アフィンおよび線形ギャップペナルティースコアとDNA配列アラインメントのための標的とする最適化されたパラメータ化可能PEアーキテクチャを提案した。PEはQuartus II設計環境で設計し,合成した。DNA配列アラインメントコアは素子数EP2C70F896C6とALTERA低気圧II FPGAに実装した。PEの機能性はSSEARCH35ソフトウェアに対して試験し,検証することに成功した。結果は,FPGAで実行した時にはコアは50MHz以上を操作できる示した。1%の面積以下utilization/PEにより,FPGAデバイスは単一パス処理のためのPE200以上を生成することができる。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 計算機械 ,  パラメタリゼーション ,  スループット ,  海洋 ,  ソフトウェア ,  線形性 ,  FPGA ,  シストリックアレイ ,  最適化 ,  ハードウェア ,  *DNA【核酸】 ,  *計算機アーキテクチャ
準シソーラス用語： 機能性 ,  論理ゲート ,  *配列アライメント , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： ディジタル計算機方式一般  (JC02010O) ,  オペレーティングシステム  (JD03020J) ,  言語プロセッサ  (JD03040F)

タイトルに関連する用語 (2件)： DNA配列 ,  アラインメント