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J-GLOBAL ID：201702256122258389   整理番号：17A0054956

de novoシーケンスアセンブリパイプラインのためのFPGAに基づく品質フィルタ【Powered by NICT】

An FPGA-based quality filter for de novo sequence assembly pipeline

著者 (4件)： Liu Chun-Shen (Graduate Institute of Electronics Engineering and Department of Electrical Engineering, National Taiwan University, Taipei, Taiwan, 10617) ,  Chen Nae-Chyun (Graduate Institute of Electronics Engineering and Department of Electrical Engineering, National Taiwan University, Taipei, Taiwan, 10617) ,  Li Yu-Cheng (Graduate Institute of Electronics Engineering and Department of Electrical Engineering, National Taiwan University, Taipei, Taiwan, 10617) ,  Lu Yi-Chang (Graduate Institute of Electronics Engineering and Department of Electrical Engineering, National Taiwan University, Taipei, Taiwan, 10617)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： APCCAS  ページ： 139-142  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング(NGS)は,今日ではDNA短リードの効率的生産のための生物学的および医学的研究に広く適用されている。様々な適用の中で,de novo配列集合は関連した全ゲノムが得られなかったのは短いリードをNGSを用いた技術である。組立結果を正確にするためには,集合パイプラインの初期段階で低品質データを除くために一般的な方法である。フィルタリングが組立時間の大きな部分を占めるので,フィルタリング段階の処理速度を増加するかが重要な問題であり,特に最近の応用における成長データスケールとなっている。本論文では,フィルタリング段階を加速するためにFPGAベース品質フィルタを提案した。ワンホットコードアキュムレータと関連モジュールの導入により,ハードウェアフィルタは,処理時間を半減できた。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  *品質 ,  加工時間 ,  *フィルタ ,  ゲノム ,  フィルタリング ,  *FPGA
準シソーラス用語： 処理速度 ,  医学研究 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (1件)： FPGA