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J-GLOBAL ID：201702258607413246   整理番号：17A0702200

計算とin vitroアプローチを介して同定された潜在的阻害剤によるFusobacterium nucleatumにおけるMurA酵素の阻害【Powered by NICT】

Inhibition of the MurA enzyme in Fusobacterium nucleatum by potential inhibitors identified through computational and in vitro approaches

著者 (5件)： Kumar Amit (Centre for Bioinformatics, Pondicherry University, Puducherry-605014, India. [e-mail] [e-mail] [e-mail]) ,  Saranathan Rajagopalan ,  Prashanth K. ,  Tiwary Basant K. ,  Krishna Ramadas
資料名： Molecular BioSystems  (Molecular BioSystems)
巻： 13  号： 5  ページ： 939-954  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2331A  ISSN： 1742-206X  CODEN： MBOIBW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Fusobacterium nucleatumは歯周炎,歯肉炎,虫垂炎,及び炎症性腸疾患のようないくつかの疾患において重要な役割を果たしている(IBD)。この細菌による抗生物質耐性の発達は,新規治療介入を必要とする。我々の最近の研究は,F.nucleatumにおける潜在的標的蛋白質の一つとしてUDP N アセチルグルコサミン1 カルボキシビニルトランスフェラーゼ(MurA)を報告した。本研究では,in silicoスクリーニングによる二つの新しいMurA阻害剤を提案し,in vitro実験による阻害の様式を評価した。MurA構造配置(内側-外側α/βバレル)はL/FXXXG(A)モチーフベース相互作用により安定化されたことが分かった。蛋白質はドメインIとIIの二平行に配置された正に荷電した残基間の反発力による開放または基質立体配座で維持された。この立体配座では,天然及び化学化合物ライブラリーの構造に基づく仮想スクリーニングによる基質結合ポケットを有する重要な相互作用を持つことを六化合物を同定した。心臓転移の中,オリエンチン及びクェルセチン 3 O d グルクロニド(Q3G)のみが分子動力学シミュレーション中の一貫した水素結合占有と最低結合自由エネルギーによるより良い相互作用能力を示した。in vitro阻害研究は,それぞれ,オリエンチン及びQ3G精製MurA蛋白質による阻害の混合及び非競合的モードを明らかにした。これはMurAの開放及び閉鎖(基質結合)立体配座におけるオリエンチン,閉鎖立体配座におけるQ3G結合の結合を説明した。Q3G結合モードはMurA基質複合体,Cys118,ホスホエノールピルビン酸(PEP)相互作用残基とその定数水素結合を明らかに予測した。はQ3GはPEP結合を妨げ,それによってMurA活性を阻害する可能性があることを示唆した。このように,本研究は,MurAの構造を検討し,二種類の新規化合物の阻害作用を発揮する。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 結合部位 ,  相互作用 ,  分子動力学 ,  基質 ,  複合体 ,  タンパク質 ,  *in vitro実験 ,  水素結合 ,  立体配座 ,  細菌 ,  計算機シミュレーション
準シソーラス用語： 結合自由エネルギー ,  分子動力学シミュレーション ,  バーチャルスクリーニング ,  *Fusobacterium nucleatum ,  *阻害剤 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： オリエンチン

タイトルに関連する用語 (6件)： 計算 ,  同定 ,  阻害剤 ,  Fusobacterium ,  酵素 ,  阻害