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J-GLOBAL ID：201702259793113325   整理番号：17A0109777

ハクサイにおけるINDELSマーカーの開発とそれらの残留ヘテロ接合同定への応用【JST・京大機械翻訳】

Development of InDels Markers and Their Usage in Detection of Residual Heterozygous Lines in Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis)

著者 (9件)： Zhang Zhigang (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Zhao Zhizhong (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Li Qiaoyun (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Wang Xiao (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Liu Shuantao (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Wang Shufen (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Xu Wenling (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Liu Xianxian (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences) ,  Liu Chen (Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables/Shandong Branch of National Improvement Center for Vegetables, Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences)
資料名： Nongye Shengwu Jishu Xuebao  (Nongye Shengwu Jishu Xuebao)
巻： 24  号： 4  ページ： 510-518  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2715A  ISSN： 1674-7968  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： ハクサイ(BRASSICA RAPA SSP. PEKINENSIS)の参照ゲノム配列の公表及びシークエンシングコストの低下は大規模開発挿入/欠失(INSERTION/DELETION,INDEL)マーカーの可能性を提供した。本研究では、性状の差異が著しいハクサイ近交系HE102と06-247を親とし、全ゲノム配列決定、標記開発と検証作業を行った。それらの配列決定の深さはそれぞれ10×と8Xであり,合計330の遺伝子座が得られ,それらの間には1.2の遺伝子座があり,それらの間には11の遺伝子座があった。各遺伝子は平均2.2個の相違点を含んでいた。それぞれ,HE102と06-247シークエンシングデータからスクリーニングした多型INDELS遺伝子座を参照として,10個の染色体からランダムに933個の遺伝子座を選択し,PCR増幅と電気泳動検出検証を行った。その結果,配列決定の深さは偽陽性率に直接影響を及ぼし,配列決定の深い材料でスクリーニングした差異部位を参照として,その検証結果の偽陽性率は高く,逆に低いことが分かった。本研究では,HE102と06-247を参照として選択したINDELSサイトの検証の平均偽陽性率はそれぞれ51.9%と22.5%であった。これらの遺伝子座の中で,全部で593の多形性遺伝子座があり,これらの遺伝子座のうちの375はコード領域に位置し,潜在的機能的マーカーであることが示された。上記の相違点を利用して、HE102と06-247由来のF7世代組換え近交系個体群を検出し、F_7世代の各株の593個の遺伝子座の純/ヘテロ接合状態を明らかにした。これらの結果は,残留 微細,微細,抗,胸やけなどの重要な農業形質の正確な分析のための基礎を提供した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  染色体 ,  PCR法 ,  *ハクサイ ,  個体群 ,  電気泳動 ,  *ヘテロ接合
準シソーラス用語： 農業形質 ,  組換近交系 ,  多型性 ,  偽陽性率 ,  近交系 ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis) ,  Re-sequencing ,  Whole genome ,  InDels markers ,  Residual heterozygous line (RHL)

分類 (1件)： 野菜  (FC03043X)

タイトルに関連する用語 (7件)： ハクサイ ,  マーカー ,  開発 ,  残留 ,  ヘテロ接合 ,  同定 ,  応用