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J-GLOBAL ID：201702260886463733   整理番号：17A0318201

低温耐性Saccharum spontaneumクローンインド00 1037のde novo配列決定とトランスクリプトーム解析【Powered by NICT】

De novo sequencing and transcriptome analysis of a low temperature tolerant Saccharum spontaneum clone IND 00-1037

著者 (9件)： Dharshini S. (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India) ,  Chakravarthi M. (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India) ,  J. Ashwin Narayan (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India) ,  Manoj V.M. (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India) ,  Naveenarani M. (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India) ,  Kumar Ravinder (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute Regional Center, Karnal, India) ,  Meena Minturam (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute Regional Center, Karnal, India) ,  Ram Bakshi (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India) ,  Appunu C. (Division of Crop Improvement, ICAR-Sugarcane Breeding Institute, Coimbatore, India)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 231  ページ： 280-294  発行年： 2016年 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： サトウキビの近縁野生種,Saccharum spontaneumL.は環境ストレス,特に寒冷ストレスへの適応性が知られている。本研究では,Arunachal Pradesh,北東インドの高高度地域から採集した低温(10°C)耐性S.spontaneumのクローンIND00 1037のトランスクリプトームプロファイリングを行った。Illumina Nextseq500プラットフォームは,対照と寒冷ストレス(10°C,24h)試料のために処理リードの4.7および4.8gigabase対(Gb)に対応する47.63と四千八百十八万リードを得た。これらのリードを,平均長801bpの214,611種の遺伝子(unigene)にde novo集合させた。さらに,低温条件に応答性新規遺伝子および経路を同定するためにすべての単一遺伝子は,GO,KEGGとCOGデータベースに配列していた。差次的遺伝子発現解析は,約2583遺伝子がアップレギュレートされ,3302遺伝子はストレス中に下方制御されたことを明らかにした。これは多分S.spontaneumの低温耐性クローンの包括的トランスクリプトームデータ。本研究では,新しい遺伝子を同定し,サトウキビおよびその近縁野生種に関連する将来のゲノム研究にも助けるであろう。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *クローン ,  *サトウキビ属 ,  データベース ,  *インド ,  *トランスクリプトーム ,  遺伝子 ,  サトウキビ ,  寒冷ストレス ,  *耐冷性 ,  ダウンレギュレーション ,  *低温
準シソーラス用語： 環境ストレス ,  野生種 ,  *トランスクリプトーム解析 ,  *Saccharum spontaneum , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Saccharum spontaneum(サトウキビ属) ,  差次的遺伝子発現 ,  Illumina ,  低温度 ,  トランスクリプトーム

分類 (2件)： 遺伝子操作  (EC02050B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (3件)： 低温耐性 ,  Saccharum ,  トランスクリプトーム解析