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J-GLOBAL ID：201702263704757113   整理番号：17A0377149

ProHits4.0におけるデータ非依存性収集解析【Powered by NICT】

Data Independent Acquisition analysis in ProHits 4.0

著者 (20件)： Liu Guomin (Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai Health System, Toronto, Ontario, Canada) ,  Knight James D.R. (Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai Health System, Toronto, Ontario, Canada) ,  Zhang Jian Ping (Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai Health System, Toronto, Ontario, Canada) ,  Tsou Chih-Chiang (Department of Pathology, University of Michigan, Ann Arbor, USA) ,  Tsou Chih-Chiang (Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan, Ann Arbor, USA) ,  Wang Jian (Center for Computational Mass Spectrometry, University of California, San Diego, La Jolla, California, USA) ,  Wang Jian (Department of Computer Science and Engineering, University of California, San Diego, La Jolla, California, USA) ,  Lambert Jean-Philippe (Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai Health System, Toronto, Ontario, Canada) ,  Larsen Brett (Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai Health System, Toronto, Ontario, Canada) ,  Tyers Mike (Institute for Research in Immunology and Cancer, Universite de Montreal, Montreal, Quebec, Canada) ,  Raught Brian (Princess Margaret Cancer Institute, Department of Medical Biophysics, University of Toronto, Ontario, Canada) ,  Bandeira Nuno (Center for Computational Mass Spectrometry, University of California, San Diego, La Jolla, California, USA) ,  Bandeira Nuno (Department of Computer Science and Engineering, University of California, San Diego, La Jolla, California, USA) ,  Bandeira Nuno (Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, University of California, San Diego, La Jolla, California, USA) ,  Nesvizhskii Alexey I. (Department of Pathology, University of Michigan, Ann Arbor, USA) ,  Nesvizhskii Alexey I. (Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan, Ann Arbor, USA) ,  Choi Hyungwon (Saw Swee Hock School of Public Health, National University of Singapore and National University Health System, Singapore, Singapore) ,  Choi Hyungwon (Institute of Molecular and Cell Biology, Agency for Science, Technology, and Research, Singapore, Singapore) ,  Gingras Anne-Claude (Centre for Systems Biology, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai Health System, Toronto, Ontario, Canada) ,  Gingras Anne-Claude (Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 149  ページ： 64-68  発行年： 2016年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析(AP MS)を結合させたアフィニティー精製は,物理的相互作用の同定と定量のための強力な技術である。AP-MSは,汚染物質の大きな背景間の真の相互作用物質をうまく同定することを注意深い実験計画,適切な制御選択と定量的ワークフローが必要である。相互作用プロテオミクスのためのProHits,実験室情報管理システム,質量分析施設における全ての試料を追跡し,データベース検索を開始し,スペクトルカウントをベースとしたAP-MSアプローチのための可視化ツールを紹介した。より最近,著者らは,スペクトル計数に基づく相互作用のスコアリングを提供するProHits内意義Analysisof INTeractome(SAINT)を実装した。同定ソフトウェア(DIAアンパイアとMSPLIT DIA),定量化ツール(DIAアンパイアを通して,または外部標的抽出による),および定量的濃縮(mapDIAによる)と相互作用のスコアリング(SAINT強度)の評価とデータ非依存獲得(DIA)を支援するProHitsへの更新を提供した。さらなる改良,特にiProphetパイプラインの支援,ProteomeXchangeリポジトリと輸出増大と促進堆積とビューイング機能,ProHits4.0は親和性プロテオミクス研究を容易にするツールの包括的一式を提供する。スコア化し,透明なやり方でプロテオミクスデータの注釈付けおよび分析への困難なままである。ProHitsは以前,貯蔵,追跡および標準AP-MSデータの解析を可能にするLIMSとして導入した。本改訂版では,ProHitsを拡大数データ独立獲得(DIA)に基づく同定と定量化ツールの統合を含めた。ProHits4.0も公共リポジトリへのデータ堆積,及び新しい可視化ツールへのデータの移動を容易にする。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ソフトウェア ,  ワークフロー ,  アノテーション ,  相互作用 ,  *プロテオミクス ,  スペクトロメータ ,  リポジトリ ,  情報管理システム ,  質量分析 ,  実験計画法 ,  親和性
準シソーラス用語： スコア化 ,  可視化ツール ,  データベース検索 ,  アフィニティー精製 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 実験室情報管理システム ,  質量分析 ,  データ非依存性獲得 ,  蛋白質-蛋白質相互作用 ,  質量分析と結合した親和性精製 ,  プロテオミクス

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (3件)： 非依存性 ,  収集 ,  解析