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J-GLOBAL ID：201702263905092353   整理番号：17A0376357

接触モードスコアを用いた配位子結合立体配座の類似性の評価【Powered by NICT】

Assessing the similarity of ligand binding conformations with the Contact Mode Score

著者 (11件)： Ding Yun (Department of Physics and Astronomy, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Fang Ye (School of Electrical Engineering and Computer Science, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Fang Ye (Center for Computation & Technology, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Moreno Juana (Department of Physics and Astronomy, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Moreno Juana (Center for Computation & Technology, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Ramanujam J. (School of Electrical Engineering and Computer Science, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Ramanujam J. (Center for Computation & Technology, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Jarrell Mark (Department of Physics and Astronomy, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Jarrell Mark (Center for Computation & Technology, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Brylinski Michal (Department of Biological Sciences, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA) ,  Brylinski Michal (Center for Computation & Technology, Louisiana State University, Baton Rouge, LA 70803, USA)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 64  ページ： 403-413  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造と計算生物学者はしばしばリガンド結合立体配座の類似性を測定する必要がある。一般的に使用される二乗平均平方根偏差(RMSD)は配位子サイズ依存性であるが,生物学的に意味のある結合特徴を把握できない可能性がある。これらの問題を解決するために,接触モードスコア(CMS),分子間蛋白質-リガンド接触に基づく立体配座類似性を評価するための新しい計量を開発した。CMSは配位子径に依存性が少なく,柔軟な受容体を挿入する能力を持つ。異なる蛋白質に結合した同一でない配位子の結合様式を効果的に比較するために,更に拡張接触モードスコア(XCMS)を開発した。CMSとXCMSはリガンド結合立体配座の類似性の意味のある評価を提供すると信じている。CMSとXCMSであるhttp://brylinski.cct.lsu.edu/content/contactモードスコアとhttp://geaux計算bio.github.io/contactモードscore/で自由に利用できる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： タンパク質 ,  *立体配座 ,  実効値 ,  受容体 ,  *類似性
準シソーラス用語： 分子ドッキング ,  リガンド ,  サイズ依存性 ,  リガンド結合 ,  計算生物学 ,  *スコア , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 接触モードスコア ,  CMS ,  拡張接触モードスコア ,  XCMS ,  二乗平均偏差 ,  RMSD ,  分子ドッキング ,  配位子結合立体配座

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 接触モード ,  スコア ,  配位子 ,  立体配座 ,  類似性 ,  評価