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J-GLOBAL ID：201702272916820919   整理番号：17A0142902

紫外線と電離放射線に対する転写応答:グラフ曲率に基づくアプローチ【Powered by NICT】

Transcriptional responses to ultraviolet and ionizing radiation: An approach based on graph curvature

著者 (6件)： Yongxin Chen (Department of Medical Physics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, NY, USA) ,  Oh Jung Hun (Department of Medical Physics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, NY, USA) ,  Sandhu Romeil (Department of Biomedical Informatics, Stony Brook University, NY, USA) ,  Sangkyu Lee (Department of Medical Physics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, NY, USA) ,  Deasy Joseph O. (Department of Medical Physics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, NY, USA) ,  Tannenbaum Allen (Department of Computer Science and Applied Mathematics & Statistics, Stony Brook University, NY, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 1302-1306  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全ての癌患者の半数以上は,それらの処理プロセスで放射線療法を受けている。しかし,放射線に異常な転写応答の理解は不良である。本研究では,マイクロアレイデータセットを用いて電離放射線(IR)と紫外線(UV)曝露に関連した遺伝子および生物学的過程を研究するためのL1Wasserstein距離に基づくOllivierのRicci曲率の拡張定義を採用した。遺伝子発現レベルはヒト蛋白質参照データベース(H PRD)からダウンロード遺伝子相互作用トポロジーにモデル化した。これはIR,UVおよび模擬データセットに対して行った。各遺伝子のIR及び模擬グラフ(UVと模擬の間)の間の差分曲率値は,遺伝子は放射線に応答する程度を推定するための基準として使用した。IRおよびUVグラフから同定されたトップ200遺伝子の比較では約20~30%遺伝子は重複したことを見出した。遺伝子オントロジー富化分析により,代謝関連生物学的過程をIR及びUV放射線被曝と高度に相関したことを見出した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： ダウンロード ,  *放射線 ,  ヒト ,  *曲率 ,  放射線被曝 ,  遺伝子 ,  *紫外線 ,  データベース ,  放射線療法 ,  モデリング ,  *電離放射線
準シソーラス用語： 遺伝子オントロジー ,  遺伝子相互作用 ,  生物学的過程 ,  癌患者 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (6件)： 紫外線 ,  電離放射線 ,  転写 ,  応答 ,  グラフ ,  曲率