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J-GLOBAL ID：201702273489163313   整理番号：17A0364005

配列アラインメントツールソフトウエアとハードウエアの展望エネルギー効率【Powered by NICT】

Energy efficiency of sequence alignment tools-Software and hardware perspectives

著者 (10件)： Kierzynka Michal (Poznan Supercomputing and Networking Center, Poland) ,  Kierzynka Michal (Poznan University of Technology, Poland) ,  Kosmann Lars (OFFIS, Oldenburg, Germany) ,  vor dem Berge Micha (christmann informationstechnik + medien GmbH & Co. KG, Germany) ,  Krupop Stefan (christmann informationstechnik + medien GmbH & Co. KG, Germany) ,  Hagemeyer Jens (CITEC, Bielefeld University, Germany) ,  Griessl Rene (CITEC, Bielefeld University, Germany) ,  Peykanu Meysam (CITEC, Bielefeld University, Germany) ,  Oleksiak Ariel (Poznan Supercomputing and Networking Center, Poland) ,  Oleksiak Ariel (Poznan University of Technology, Poland)
資料名： Future Generation Computer Systems  (Future Generation Computer Systems)
巻： 67  ページ： 455-465  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0620C  ISSN： 0167-739X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ペアワイズ配列アラインメントは,現代の生物情報学における遍在している。を明示的に,例えばデータベースからもっとも類似した配列を発見する,あるいはより複雑な方法の隠れたビルディングブロック,例えばリードマッピングのためのとして陰的に実施できる可能性がある。アラインメントアルゴリズムは過去数年にわたって調べ,主にそれらの速度に関して広くした。しかし,エネルギー効率,ハイパフォーマンスコンピューティングとクラウド環境における重要になっているに与えられなかった。種々の計算アーキテクチャ:CPU,GPUとIntel Xeon Phi上での正確な対配列アラインメントを行う最も確立されたソフトウェアツールのエネルギー効率を比較した。結果は,エネルギー消費が約5倍も異なる可能性があることを示した。同じハードウェア上で実行される異なる実装に対しても報告した根本的な相違点。さらに,試験したツールG DNAの一つのFPGA実装を提示し,エネルギー効率前線に他のすべてより優れているかを示した。最後に,著者らの研究で使用した特別なRECS~ボックスサーバに関するいくつかの詳細を概説した。このハードウェアは,エネルギー効率とグリーンICTを支援する高度に不均一な計算環境を送達するための特殊な目的を持ったBielefeld大学とchristmann informationstechnik+medienによるFiPSプロジェクト内で設計し製作した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  データベース ,  計算機アーキテクチャ ,  *ハードウェア ,  支援プログラム ,  *エネルギー効率 ,  エネルギー消費 ,  FPGA
準シソーラス用語： グリーンIT ,  FPGA実装 ,  高性能コンピューティング ,  ビルディングブロック ,  バイオインフォマティクス ,  *配列アライメント , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 配列アラインメント ,  エネルギー効率 ,  FiPSプロジェクト ,  不均一ハードウエア ,  バイオインフォマティクス ,  FPGA

分類 (2件)： 計算機網  (JC03000K) ,  計算機システム開発  (JD02010R)

タイトルに関連する用語 (6件)： 配列アラインメント ,  ツール ,  ソフトウエア ,  ハードウエア ,  展望 ,  エネルギー効率