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J-GLOBAL ID：201702274218534754   整理番号：17A0350478

蒙薬冷蒿蒙薬冷蒿のSSR情報解析【JST・京大機械翻訳】

Data Mining of Simple Sequence Repeats in Transcriptome Sequences of Mongolia Medicinal Plant Artemisia frigida Willd

著者 (11件)： Yue Chunjiang (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Chen Chuanchuan (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Guo Fengxian (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Li Hua (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Sun Hongbo (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Pei Danning (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Ma Xiaoqing (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Chen Fuxin (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Yang Huoli (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Li Qin (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China) ,  Liu Yue (College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China)
資料名： Zhongguo Nongye Keji Daobao  (Zhongguo Nongye Keji Daobao)
巻： 18  号： 6  ページ： 31-43  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2775A  ISSN： 1008-0864  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： MSA(ソフトウェア)ソフトウェアを用いて,配列 トランスクリプトーム(トランスクリプトーム)の簡単な反復配列(SSR)遺伝子座のマイニングを行い,3のSSR遺伝子座を含む3の配列を発見した。発生頻度は2.51%であり、合計122種類の反復モチーフがあり、平均18.46 KBに1つのSSR遺伝子座が現れた。 配列のSSRは主にトリヌクレオチド反復(%)に集中し,次いでジヌクレオチド反復(31.60)であった。TG,,,CA,AAT/TTAおよびAAC/TTGはジヌクレオチド,トリヌクレオチドにおける優性反復モチーフであった。 は5~12回反復し,モチーフ長は主に12~36BPであった。 のトランスクリプトームは共のコンティグを共有し,そのうちの578はSSRSの位置に位置し,主にトリヌクレオチド反復(397,%)であった。分子レベルとバイオインフォマティクスの角度から、蒙薬冷蒿のSSR情報の開発利用を紹介し、その出現頻度が高く、重複タイプが豊富で、 の分子マーカー補助育種、遺伝的多様性分析、遺伝図鑑の構築及び機能遺伝子マイニングに候補配列を提供した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  *トランスクリプトーム ,  育種 ,  ジヌクレオチド ,  優性 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： 機能遺伝子 ,  遺伝多様性 ,  分子マーカー ,  出現頻度 ,  バイオインフォマティクス ,  コンティグ ,  トリヌクレオチド ,  ジヌクレオチド反復 ,  *情報分析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Artemisia frigida Willd. ,  transcriptome ,  SSR information analysis

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： 薬 ,  SSR ,  情報解析