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J-GLOBAL ID：201702275170093606   整理番号：17A0262788

A型インフルエンザウイルス同義コドンの使用バイアスがRNA二次構造に与える影響【JST・京大機械翻訳】

Influence of Synonymous Codon Bias on the RNA Secondary Structure in Influenza-A Viruses

著者 (5件)： Li Ruifang (College of Physics and Electronic Information,Inner Mongolia Normal University) ,  Yu Zhifen (College of Physics and Electronic Information,Inner Mongolia Normal University) ,  Huang Qiao (College of Physics and Electronic Information,Inner Mongolia Normal University) ,  Guo Chunyang (College of Physics and Electronic Information,Inner Mongolia Normal University) ,  Li Xue (College of Physics and Electronic Information,Inner Mongolia Normal University)
資料名： Bingdu Xuebao  (Bingdu Xuebao)
巻： 32  号： 6  ページ： 773-781  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2388A  ISSN： 1000-8721  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： A型インフルエンザウイルスを研究サンプルとし、同義コドン使用バイアスがRNA二次構造に与える影響を分析し、同義コドンの存在意義及びA型インフルエンザウイルスRNAの特徴を更に研究するために、いくつかの理論的根拠を提供した。NCBIに収録された全A型インフルエンザウイルスの核酸配列情報を収集整理し,各核酸配列のRNA二次構造を計算し,RNA環構造含量と茎構造含量及び折畳み自由エネルギーを算出した。これに基づき,RNA二次構造の柔軟性を計算した。同時に,一つの核酸配列の相対的同義コドン子使用値を計算した。これにより,A型インフルエンザウイルスRNA二次構造データベースを構築した。各核酸配列の相対的同義コドン暗号とRNAの構造,茎構造および柔軟性との関係を解析した。分析の結果、50%のアミノ酸の相対的な同義コドンの子使用値はRNAの茎の構造含有量と環構造の含有量と著しく相関していることが分かった。60%のアミノ酸の相対的同義コドンは,単位平均折畳み自由エネルギーと有意に相関した。50%のアミノ酸の相対的同義コドン暗号はRNAの柔軟性と有意に相関した。更なる分析により,茎の構造含有量と環構造の含有量には有意な相関があり,それらの相対的同義コドン暗号と二種類の構造含量の相関性は逆に,また,選択されたパラメータにおいて,RNAの柔軟性は,同義コドン使用値とより良い相関を示すことが分かった。その結果,A型インフルエンザウイルスに対して,コドンの使用バイアスはRNA二次構造に大きな影響を及ぼすことが確認された。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  データベース ,  環状構造 ,  *バイアス ,  暗号 ,  自由エネルギー ,  アミノ酸 ,  ヌクレオチド配列 ,  *コドン ,  柔軟性 ,  折畳み
準シソーラス用語： NCBI ,  ウイルスRNA ,  *RNA二次構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Synonymous codon bias ,  RNA secondary structure ,  Influenza-A virus ,  RNA specific flexibility ,  Folding free energy

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (3件)： A型インフルエンザウイルス ,  バイアス ,  RNA二次構造