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J-GLOBAL ID：201702275209571051   整理番号：17A0142737

逆相蛋白質アレイデータのネットワークに基づく解析【Powered by NICT】

Network-based analysis of reverse phase protein array data

著者 (9件)： Varghese Rency S (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA) ,  Zuo Yiming (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA) ,  Zhao Yi (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA) ,  Zhang Yong-Wei (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA) ,  Jablonski Sandra A (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA) ,  Pierobon Mariaelena (Center for Applied Proteomics and Molecular Medicine, George Mason University, Manassas, VA, USA) ,  Petricoin Emanuel F (Center for Applied Proteomics and Molecular Medicine, George Mason University, Manassas, VA, USA) ,  Ressom Habtom W (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA) ,  Weiner Louis M (Department of Oncology, Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University, Washington, DC, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 312-317  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本稿において我々は,蛋白質シグナル伝達における複雑なパターンを同定するために逆相蛋白質アレイ(RPPA)データに基づいてネットワーク構築のための計算手法を提案した。法は基底発現のホスホプロテオミクスプロファイルと三人の乳癌細胞株(MCF7,LCC1およびLCC9)における七十六の重要なシグナル伝達蛋白質の活性化/リン酸化に適用した。時間RPPAデータを別の実験で四個の遺伝子をノックダウン後48時間,96時間,144時間で得られた。これらの遺伝子は乳癌生存率の重要な決定因子としての以前の研究から選択した。蛋白質とリン酸化蛋白質間の相互作用ネットワークは,分散モデルの多変量解析を用いた蛋白質対の発現レベルを解析することにより構築した。三各時点で有意に変化した蛋白質を決定するために導入した新しいスコアリング基準。シグナル伝達ネットワークはRPPAデータから選択した統計的に有意な蛋白質対に基づき構築した。トポロジーに基づく解析により,配線パターンを種々の実験条件での蛋白質発現変化と関連していることを重要なネットワークノードの同定に役立つ。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 多変量解析 ,  *ネットワーク ,  リンタンパク質 ,  乳房腫瘍 ,  *タンパク質 ,  リン酸化 ,  *逆相 ,  生存率
準シソーラス用語： ネットワークノード ,  蛋白質発現 ,  シグナル伝達ネットワーク ,  決定因子 ,  遺伝子ノックダウン法 ,  乳癌細胞 ,  *蛋白質アレイ解析 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (3件)： 逆相 ,  蛋白質アレイ ,  解析