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J-GLOBAL ID：201702276863626129   整理番号：17A0702185

EnhancerPred2 1.0:位置特異的トリヌクレオチド傾向と電子-イオン相互作用ポテンシャル特徴選択に基づく促進剤とそれらの強度を予測する【Powered by NICT】

EnhancerPred2.0: predicting enhancers and their strength based on position-specific trinucleotide propensity and electron-ion interaction potential feature selection

著者 (2件)： He Wenying (Department of Mathematics, Dalian Maritime University, No. 1 Linghai Road, Dalian 116026, China. [e-mail]) ,  Jia Cangzhi
資料名： Molecular BioSystems  (Molecular BioSystems)
巻： 13  号： 4  ページ： 767-774  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2331A  ISSN： 1742-206X  CODEN： MBOIBW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： エンハンサーは転写因子とそれらの複合体の結合部位を提供することにより,真核生物の遺伝子発現を増加させるのに主要な役割を果たしていることをシス作用要素である。エンハンサーは高度に細胞/組織特異的,共通モチーフを欠いていて,標的遺伝子から遠く離れたので,DNA配列におけるエンハンサー領域の系統的かつ正確な同定は大きな挑戦である。本研究では,位置特異的トリヌクレオチド傾向(PSTNP)情報を組み合わせたトリヌクレオチドに対する電子-イオン相互作用ポテンシャル(EIIP)値と,エンハンサーとそのサブグループを予測するによるEnhancerPred2~と呼ばれるエンハンサー予測法を開発した。特徴の最適な組み合わせを得るために,Fスコア値は二段階,ラッパーベースの特性選択法,PSTNPとEIIPからの高次元特徴ベクトルに適用したを使用した。EIIPから32最適化特徴と結合したPSTNPから126最適化特徴はエンハンサーと非エンハンサーを同定するための最高の性能を与え,総合精度(Acc)88.27%,0.77のMatthews相関係数(MCC)であった。EIIPから37特徴と結合したPSTNPから198特徴は強いと弱いエンハンサーを同定するための最良の性能を示し,98.05%の全Accと0.96のMCCであった。厳密なジャックナイフ試験をEnhancerPred2~は全体精度と安定性の両方の既存エンハンサー予測法より有意に良好であることを示した。Copyright 2017 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 相関係数 ,  予測技法 ,  真核生物 ,  *特徴抽出 ,  遺伝子発現 ,  最適化 ,  エンハンサー領域 ,  *特徴選択 ,  精度 ,  *イオン ,  結合部位
準シソーラス用語： DNA配列 ,  標的遺伝子 ,  シスエレメント ,  *相互作用ポテンシャル ,  *トリヌクレオチド , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： トリヌクレオチド ,  傾向 ,  電子 ,  イオン ,  相互作用ポテンシャル ,  特徴選択 ,  促進剤 ,  予測