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J-GLOBAL ID：201702277105985782   整理番号：17A0307932

塩分ストレスに応答したTaxodium「Zhongshanshan405’根のトランスクリプトーム解析【Powered by NICT】

Transcriptome analysis of the Taxodium ‘Zhongshanshan 405’ roots in response to salinity stress

著者 (3件)： Yu Chaoguang (Institute of Botany, Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210014, China) ,  Xu Sheng (Institute of Botany, Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210014, China) ,  Yin Yunlong (Institute of Botany, Jiangsu Province and Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210014, China)
資料名： Plant Physiology and Biochemistry  (Plant Physiology and Biochemistry)
巻： 100  ページ： 156-165  発行年： 2016年03月 
JST資料番号： W1643A  ISSN： 0981-9428  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： フランス (FRA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Taxodium「Zhongshanshan」はTaxodium distichumおよびTaxodium mucronatumの種間雑種であり,中国南東部で広く栽培されてきた。は大きな生態学的及び経済的可能性を持っている。しかし,Taxodium属における乏しいゲノム資源は大きくその根底にある耐塩機構のさらなる探求を妨げてきた。耐塩性の遺伝学的基礎を理解するために,のmRNA(RNA Seq)ハイスループットシークエンシングを用いて,NaClストレスで処理した「Zhongshanshan405’クローン根のトランスクリプトーム変化を解析した。de novoアセンブリー後,70,312個のユニジーンが達成され,そのうちの41,059に注釈をつけた。9038の差次的に発現した遺伝子(DEGs)は処理間で同定され,7959DEGは塩ストレスを受けた根と対照の間で,全ての処理の共有489アップレギュレートと570ダウンレギュレートされた。輸送,シグナル伝達と同様に記載されていない転写物に関連する遺伝子は塩ストレスに応答したそれらDEGであった。遺伝子オントロジー分類解析を「オキシドレダクターゼ活性’,’金属イオン結合」,「膜」を含む塩ストレス関連カテゴリーはこれらのDEG間で高度に濃縮されたことを明らかにした。さらに,定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(qRT PCR)によって明らかにされた12個の単一遺伝子の遺伝子発現パターンは,RNA-Seqデータを確認した。著者らの研究は,だけでなくTaxodiumのトランスクリプトーム資源ではなく,「Zhongshanshanの耐塩性の基礎をなす分子機構を探査するためのガイドラインの大規模評価を提供した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 種間雑種 ,  耐塩性 ,  *トランスクリプトーム ,  金属イオン ,  遺伝学 ,  生態学 ,  塩化ナトリウム ,  ゲノム ,  クローン
準シソーラス用語： 分子機構 ,  定量的リアルタイムPCR法 ,  遺伝子オントロジー ,  *トランスクリプトーム解析 ,  *ヌマスギ属 ,  *塩分ストレス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 差次的に発現した遺伝子 ,  qRT-PCR ,  塩分ストレス ,  Taxodium ,  トランスクリプトーム

分類 (2件)： 植物生理学一般  (EH02010Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： 塩分ストレス ,  応答 ,  Taxodium ,  根 ,  トランスクリプトーム解析