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J-GLOBAL ID：201702279783628446   整理番号：17A0124554

単一分子配列決定を支援するゲノムアセンブリの改善と構造変化推論【Powered by NICT】

Single-Molecule Sequencing Assists Genome Assembly Improvement and Structural Variation Inference

著者 (9件)： Yan Jun (Department of Crop Genomics and Bioinformatics, College of Agriculture and Biotechnology, China Agricultural University) ,  Lv Shuwei (Department of Crop Genomics and Bioinformatics, College of Agriculture and Biotechnology, China Agricultural University) ,  Hu Min (Department of Crop Genomics and Bioinformatics, College of Agriculture and Biotechnology, China Agricultural University) ,  Gao Zhaoxu (School of Advanced Agriculture Sciences, School of Life Sciences, Peking University) ,  He Hang (School of Advanced Agriculture Sciences, School of Life Sciences, Peking University) ,  Ma Qingwei (Bioyong Technology Inc) ,  Wang Deng Xing (School of Advanced Agriculture Sciences, School of Life Sciences, Peking University) ,  Zhu Zuofeng (Department of Crop Genomics and Bioinformatics, College of Agriculture and Biotechnology, China Agricultural University) ,  Wang Xiangfeng (Department of Crop Genomics and Bioinformatics, College of Agriculture and Biotechnology, China Agricultural University)
資料名： Fenzi Zhiwu  (Fenzi Zhiwu)
巻： 9  号： 7  ページ： 1085-1087  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2651A  ISSN： 1674-2052  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pacific Biosciences社製PacBio(PacBio)により提示された単一分子リアルタイム(SMRT)配列決定プラットフォームは,第3世代シークエンシング技術(Eid.,2009;Roberts.,2013)と見なされている。PacBioは十kb(kbs)の異常な配列関係による配列未決定ギャップを埋めるための理想的ないくつかのからの長い読み取りを供給し,高GC含量または反復に富む領域(Bashir.,2012;ベルリン.,2015;Chaisson.,2015)。PacBio長いリードは構造変化(SV)を持つ大型DNA断片,逆位,転座,重複,及び大きな挿入/欠失のような検出に対しても好ましい(indels)(Ritz.,2010;英語.,2014)。PacBioの一つの欠点は,ゲノムの単一パス被覆率(Au.,2012;Koren.,2012)のための塩基呼び出しの高い誤り率である。この欠点は,高いコンセンサス精度を達成するために配列決定のカバーを増加することによって軽減することができるが,予算と計算コストの両方を考慮した場合,要求はPacBioのみを用いた大型または中型ゲノムのde novo集合のための法外である可能性がある。PacBioは近く完成参照ゲノムの集合改善,特に配列塩基は文字N(英語.,2012)により表現される充填ギャップに対して用いることができる。ここでは,Illuminaリード(40x)PacBio(15x)を組み合わせたアフリカ野生(Oryza barthii)と栽培イネ(O.glaberrima)のゲノムアセンブリを改善するための,O.barthiiとO.glaberrimaの間の大きなSVを推定した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 誤り率 ,  英語 ,  DNA【核酸】 ,  *ゲノム ,  アフリカ ,  逆位 ,  被覆率 ,  栽培 ,  転座
準シソーラス用語： 計算コスト ,  GC含量 ,  NCoR ,  実時間 ,  *構造変化 ,  *単一分子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 技術 ,  理想 ,  読み取り

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 単一分子 ,  支援 ,  ゲノムアセンブリ ,  推論