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J-GLOBAL ID：201702283625041523   整理番号：17A0309730

吸血虫Rhodnius prolixusへの適用によるde novoおよび参照トランスクリプトームアセンブリ戦略の比較【Powered by NICT】

Comparing de novo and reference-based transcriptome assembly strategies by applying them to the blood-sucking bug Rhodnius prolixus

著者 (13件)： Marchant A. (UMR EGCE (Laboratoire Evolution, Genomes, Comportement, Ecologie), Univ. Paris-Sud, CNRS, IRD, IDEEV, Univ. Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, Batiment 13, BP1 - 91198 Gif-sur-Yvette, France) ,  Mougel F. (UMR EGCE (Laboratoire Evolution, Genomes, Comportement, Ecologie), Univ. Paris-Sud, CNRS, IRD, IDEEV, Univ. Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, Batiment 13, BP1 - 91198 Gif-sur-Yvette, France) ,  Mougel F. (Universite Paris Sud, Orsay, France) ,  Mendonca V. (UMR EGCE (Laboratoire Evolution, Genomes, Comportement, Ecologie), Univ. Paris-Sud, CNRS, IRD, IDEEV, Univ. Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, Batiment 13, BP1 - 91198 Gif-sur-Yvette, France) ,  Mendonca V. (Faculdade de Ciencias Farmaceuticas, Universidade Estadual Paulista (UNESP), Araraquara, Brazil) ,  Quartier M. (UMR EGCE (Laboratoire Evolution, Genomes, Comportement, Ecologie), Univ. Paris-Sud, CNRS, IRD, IDEEV, Univ. Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, Batiment 13, BP1 - 91198 Gif-sur-Yvette, France) ,  Quartier M. (University of Neuchatel, Institute of Biology, Neuchatel, Switzerland) ,  Jacquin-Joly E. (INRA, UMR 1392, Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement de Paris (iEES-Paris), Versailles, France) ,  da Rosa J.A. (Faculdade de Ciencias Farmaceuticas, Universidade Estadual Paulista (UNESP), Araraquara, Brazil) ,  Petit E. (UMR EGCE (Laboratoire Evolution, Genomes, Comportement, Ecologie), Univ. Paris-Sud, CNRS, IRD, IDEEV, Univ. Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, Batiment 13, BP1 - 91198 Gif-sur-Yvette, France) ,  Petit E. (Universite Paris Sud, Orsay, France) ,  Harry M. (UMR EGCE (Laboratoire Evolution, Genomes, Comportement, Ecologie), Univ. Paris-Sud, CNRS, IRD, IDEEV, Univ. Paris-Saclay, Avenue de la Terrasse, Batiment 13, BP1 - 91198 Gif-sur-Yvette, France) ,  Harry M. (Universite Paris Sud, Orsay, France)
資料名： Insect Biochemistry and Molecular Biology  (Insect Biochemistry and Molecular Biology)
巻： 69  ページ： 25-33  発行年： 2016年02月 
JST資料番号： D0873A  ISSN： 0965-1748  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高スループット配列決定能力はトランスクリプトームを容易に組立のプロセスを行った,参照ゲノムであるかどうか。しかしトランスクリプトーム組立の品質は,転写物およびそれらの変化の最も包括的なカタログを捕捉するために,トランスクリプトミクスに関する更なる実験を行うために十分でなければならない。は多くの配列決定技術及び組立ツールのどれが最も効果的なについてのコンセンサスは存在しない。多くの非モデル生物はトランスクリプトーム組立をガイドするための参照ゲノムを欠いている。一つの問題は,参照ベースゲノムアセンブリはde novo集合よりもすぐれた結果を与えるか否かである。シャーガスのための吸血昆虫Rhodnius prolixus aベクターを参照ゲノムを疾患。はに参照ベースとde novoトランスクリプトーム集合体を比較した。本研究では,三種類のデータセット(454,Illumina,Illuminaと組み合わせた454)と種々の組立ソフトウェアを用いたde novoおよび参照ベースゲノムアセンブリ戦略を比較した。得られた集合体を比較する基準を開発した:転写産物のサイズ分布と数,潜在的にキメラ転写物の割合,集合したか完全な(検索CEGMAソフトウェアおよびR.prolixusプロテオーム画分の両者により評価し完全性)。さらに,組立品質を検証するために二化学感覚遺伝子ファミリー(臭気物質結合蛋白質と化学感覚蛋白質)の存在を検討した。ゲノムアノテーション後の参照ベースアセンブリしたde novo戦略のみを用いて生成したものよりも明らかに優れていた。参照ベース戦略は新しい転写産物を明らかにした,自動ゲノムアノテーションによっては予測不可能新しいイソ型を含む。しかし,de novoと参照ベース両方の戦略の組み合わせが最良の結果を与え,断片化した転写物を構築することができた。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ゲノム ,  プロテオーム ,  ベクター ,  凝集体 ,  *トランスクリプトーム ,  キメラ ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： アイソフォーム ,  遺伝子ファミリー ,  化学感覚 ,  転写産物 ,  トランスクリプトーム解析 ,  ハイスループット ,  *吸血 ,  *Rhodnius prolixus , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Rhodnius prolixus ,  シャーガス病ベクター ,  参照トランスクリプトーム ,  de novo集合 ,  参照ベース組立 ,  OBP ,  CSP

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 吸血 ,  Rhodnius ,  参照 ,  トランスクリプトーム ,  アセンブリ ,  戦略