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J-GLOBAL ID：201702287493555172   整理番号：17A0749832

高深度物理的マッピングとショートリードDNAシークエンシング戦略によるSpirodela polyrhizaにおけるゲノム特徴の包括的定義【Powered by NICT】

Comprehensive definition of genome features in Spirodela polyrhiza by high-depth physical mapping and short-read DNA sequencing strategies

著者 (24件)： Michael Todd P. (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  Michael Todd P. (IBIS Bioscience, Carlsbad, CA, USA) ,  Bryant Douglas (IBIS Bioscience, Carlsbad, CA, USA) ,  Bryant Douglas (Donald Danforth Center for Plant Science, St. Louis, MO, USA) ,  Gutierrez Ryan (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  Borisjuk Nikolai (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  Chu Philomena (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  Zhang Hanzhong (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  Xia Jing (Institute for Systems Biology, Jianghan University, Wuhan, China) ,  Xia Jing (Department of Computer Science and Engineering, Washington University, St. Louis, MO, USA) ,  Zhou Junfei (Institute for Systems Biology, Jianghan University, Wuhan, China) ,  Peng Hai (Institute for Systems Biology, Jianghan University, Wuhan, China) ,  El Baidouri Moaine (Center for Applied Genetic Technologies, University of Georgia, Athens, GA, USA) ,  ten Hallers Boudewijn (BioNano Genomics, San Diego, CA, USA) ,  Hastie Alex R. (BioNano Genomics, San Diego, CA, USA) ,  Liang Tiffany (BioNano Genomics, San Diego, CA, USA) ,  Acosta Kenneth (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  Gilbert Sarah (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA) ,  McEntee Connor (IBIS Bioscience, Carlsbad, CA, USA) ,  Jackson Scott A. (Center for Applied Genetic Technologies, University of Georgia, Athens, GA, USA) ,  Mockler Todd C. (Donald Danforth Center for Plant Science, St. Louis, MO, USA) ,  Zhang Weixiong (Institute for Systems Biology, Jianghan University, Wuhan, China) ,  Zhang Weixiong (Department of Computer Science and Engineering, Washington University, St. Louis, MO, USA) ,  Lam Eric (Department of Plant Biology & Pathology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 89  号： 3  ページ： 617-635  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Spirodela polyrhizaは高度に還元された形態,ゲノムの大きさと蛋白質コード遺伝子の数と早成水生単子葉植物である。単子葉植物系統におけるSpirodelaとその基本的位置のこれらの生物学的特徴を考慮して,理解そのゲノム構造は植物の適応とゲノムの進化に光を当てることができた。多くのドラフトゲノムと同様に,しかし,Mb Spirodelaゲノム配列は染色体に解明されていない,重要なゲノム特性は明らかにされていない。ここでは,高被覆率短鎖読み取り配列決定と組み合わせた急速ゲノムワイド物理地図を展開しSpirodelaの20染色体を分離し,そのゲノム特徴を経験的にした。著者らのデータは,100以下にSpirodelaにおけるrDNA反復単位の数,は酵母で報告されたものよりも少ないの劇的な減少を明らかにした。そのユニークな系統発生的位置と一致して,低分子量RNA配列は29Spirodela特異的マイクロRNAを明らかにし,わずか二Elaeis guineensis(アブラヤシ)とMusa balbisiana(バナナ)と共通であった。DNAメチル化データと小さなRNA配列決定の組合せは,以前の推定を2倍にした20.5%長い末端反復配列(LTR)の正確な予測を可能にし,高いSoloを明らかにした:8.2の無傷LTR比。興味深いことに,著者らはSpirodelaは試験した植物種の最低の全体的なDNAメチル化レベル(9%)を持つことを見出した。まとめると著者らの結果は,非必須蛋白質コード遺伝子を排除することにより,rDNAとLTRを受けたゲノムを明らかにした。このユニークな植物のゲノム特徴を詳細に描写するために加えて,記述した方法と本研究からの大規模ゲノム資源は,この原始的単子葉植物ファミリーの将来の進化的および機能的研究を可能にするであろう。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： タンパク質 ,  RNA【核酸】 ,  系統発生 ,  LTR【ウイルス】 ,  単子葉植物 ,  染色体 ,  *ゲノム ,  酵母
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  マイクロRNA ,  低分子RNA ,  リボソームDNA ,  ゲノム配列 ,  ゲノム構造 ,  *DNA配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Spirodela polyrhiza ,  ウキクサ ,  次世代配列決定 ,  BioNanoゲノミクス ,  rDNA反復 ,  構造変化 ,  メチローム

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (9件)： 深度 ,  物理的マッピング ,  ショート ,  リード ,  DNAシークエンシング ,  戦略 ,  Spirodela ,  ゲノム ,  定義