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J-GLOBAL ID：201702291441474762   整理番号：17A0108637

青海-チベット高原における特有の GENTIANA(SSR)のSSRとSNPの特性を,ハイスループット配列解析に基づいて研究した。【JST・京大機械翻訳】

Characteristics of SSR and SNP in Gentiana veitchiorum in Qinghai-Tibetan Plateau,by High-throughput Sequencing

著者 (4件)： Tian Zunzhe (Key laboratory of Adaption and Evolution of Plateau Biota,Northwest Institute of Plateau Biology,Chinese Academy of Sciences) ,  Gao Qingbo (Key laboratory of Adaption and Evolution of Plateau Biota,Northwest Institute of Plateau Biology,Chinese Academy of Sciences) ,  Chen Shilong (Key laboratory of Adaption and Evolution of Plateau Biota,Northwest Institute of Plateau Biology,Chinese Academy of Sciences) ,  Zhang Faqi (Key laboratory of Adaption and Evolution of Plateau Biota,Northwest Institute of Plateau Biology,Chinese Academy of Sciences)
資料名： Zhiwu Yanjiu  (Zhiwu Yanjiu)
巻： 36  号： 5  ページ： 747-752  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2142A  ISSN： 1673-5102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： ILLUMINA ((TM)2500プラットフォームを用いて,青海省の庫沢県 ののメチレンブルー GENTIANAのハイスループット配列決定を行い,SSR反復配列を分析した。トリヌクレオチド反復型の割合は54.7%(4696/4696)であった。第二に,ジヌクレオチドのタイプは41.3%(3543/;)であった。トリヌクレオチド反復型は,ヌクレオチド反復型とトリヌクレオチド反復型の割合が少ない(4%を占める)。二反復型におけるAT/TA反復型の割合は,それぞれ%%と9.5%であった。マイクロサテライトにおける繰返し単位の長さは反復回数と負の相関があり,またマイクロサテライトの総長は繰返し単位の長さと正の相関があった。メチレンブルーの花(GP-F)と葉(GP-L)ではそれぞれ253と789のSNP部位が得られ,非コード領域での割合は%%と51%であった。分析によると、メチレンブルーのSNPサイトのコード領域における同義転換の割合(%%と47.96%%)は非同義転換の割合(0.08%と0.08%)よりはるかに高く、機能遺伝子配列の相対的安定性と関係があるかもしれない。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ジヌクレオチド ,  *ヌクレオチド ,  窒素複素環化合物 ,  芳香族アミン ,  スルホニウム ,  硫黄複素環化合物 ,  芳香族縮合化合物 ,  第三アミン
準シソーラス用語： 遺伝子配列 ,  非翻訳領域 ,  青海省 ,  *配列解析 ,  *ハイスループット ,  *チベット高原 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Gentiana veitchiorum ,  next generation sequencing ,  SSR ,  SNP ,  Qinghai-Tibetan Plateau

分類 (2件)： 飼料作物,草地  (FC03050J) ,  植物生態学  (EE02000E)

物質索引 (1件)： メチレンブルー

タイトルに関連する用語 (8件)： チベット高原 ,  特有 ,  Gentiana ,  SSR ,  SNP ,  ハイスループット ,  配列解析 ,  研究