- 2020 - 2022 アジサイの相互補完的遺伝資源植物コレクションの構築
- 2018 - 2022 遺伝物質の構造および初期感染過程のナノ可視化法の開発によるバイオナノテクノロジーの新たな展開
- 2018 - 2020 外来植物染色体添加系統における遺伝子発現の改変
- 2013 - 2018 FIB/SEMを用いたヌクレオソームトモグラフィーによる染色体内部構造の解明
- 2016 - 2018 六甲山地における防災林機能を高めるエリアマネジメント
- 2014 - 2017 ホウレンソウ性決定遺伝子座の構造決定および進化過程の解明
- 2014 - 2017 トランス・サイエンス問題の解決能力を育成する知識共創型アーギュメンテーション教育
- 2017 - 遺伝物質の構造のナノ可視化法の開発によるバイオナノテクノロジーの新たな展開
- 2013 - 2016 アクアフォトミクスによる水を介した生体機能の解明
- 2012 - 2015 欧州における科学技術系博士号取得者のキャリア形成を支援する事業マネジメントの研究
- 2011 - アクアフォトミクスを用いた生体内水分子構造の解析による細胞の生存能力診断
- 2008 - 2009 ミヤコグサとのシンテニーを利用したダイズのゲノム構造の解析
- 2008 - 他殖性アカクローバー染色体地図のインティグレーション
- 2008 - 女性科学者育成のためのメンターマインドを養成するワークショップ・プログラムの開発
- 2006 - 社会・国民に支持される科学技術を実現する新しい科学教育システムの構想
- 2005 - 染色体の構造と機能解明のためのナノデバイスに関する総合研究
- 2005 - マメ科モデル植物ミヤコグサの染色体統合地図の構築
- 2003 - 2004 CSCLシステムを活用した科学教育カリキュラムの日本型モデル
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