- 2021 - 2025 環境DNA分析の機能拡張を目指した核DNAマーカー開発と長鎖配列解析法確立
- 2023 - 2025 環境DNA分析による個体情報の取得への挑戦
- 2020 - 2023 環境DNAに基づく希少種・外来種の分布動態評価技術の開発と実践 - サブテーマ3「希少種・外来種の種内変異解析手法の確立」
- 2018 - 2021 環境DNAを用いた個体群遺伝構造解析と保全生態学への応用
- 2015 - 2020 閉鎖環境における微生物の変遷
- 2016 - 2019 環境DNAを用いた陸水生態系種構成と遺伝的多様性の包括的解明手法の確立と実践
- 2016 - 2018 宿主個体群遺伝構造に応じた新興病原ウイルスの進化プロセスの解明
- 2014 - 2016 新興病原生物の進化における宿主個体群の遺伝的構造の役割
- 2013 - 2014 水中の浮遊DNA情報に基づく同種内外来集団の侵入状況の推定
- 2013 - 2014 環境DNAを利用し、ダム湖群と上流域において絶滅が危惧される在来コイ個体群を探索する
- 2010 - 2013 野生生物感染症の生態学:宿主繁殖生態を利用した病原ウイルスの伝播メカニズム
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