- 2022 - 2027 ウイルスによる赤潮崩壊現象を裏打ちする分子生態学的メカニズムに関する研究
- 2022 - 2026 無光層-太陽光の届かない水圏-に棲息する巨大ウイルスの生態
- 2021 - 2026 ウイルス駆動の海洋低次生態系の時計仕掛けと海洋への影響解明
- 2018 - 2022 巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明
- 2016 - 2021 時空間的探索による一酸化炭素資化菌の包括的研究とその応用基盤の構築
- 2017 - 2020 包括的ビローム解析に基づくウイルス海洋学の創生基盤
- 2016 - 2019 窒素循環と有毒ブルームの発生におけるウイルス-シアノバクテリアの共進化の機能
- 2017 - 2019 微生物ウイルスの包括的メタゲノム解析によるバルト海の環境変動予測に関する研究
- 2015 - 2018 トラフグ口白症ウイルスの全ゲノム解読とワクチン開発
- 2016 - 2017 次世代バイオ触媒構築に向けた一酸化炭素資化菌の包括的研究
- 2014 - 2017 ファージ相互作用によるアオコ原因ラン藻の遺伝的・生理的変動の解明
- 2014 - 2017 ウイルスが駆動する古細菌ゲノム進化の解明
- 2014 - 2017 次世代発酵技術の確立に向けたファージの宿主乗っ取り機構の解明
- 2013 - 2016 一酸化炭素の次世代活用に関する分子微生物学的研究
- 2014 - 2016 ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か?
- 2011 - 2014 環境ファージ配列の大量解析による有毒アオコ防除技術の確立に向けた基盤研究
- 2011 - 2013 一酸化炭素資化微生物の分離と炭素再利用
- 2011 - 2012 次世代光発酵技術の開発に向けた新規海産ラン藻-ファージ感染系ライブラリーの構築
- 2008 - 2012 深海熱水生態系に基づく脱石油型次世代エネルギーと新素材の生産に関する研究
- 2010 - 2010 有毒アオコ原因ラン藻感染性ファージの遺伝的多様性解析
- 2008 - 2010 天然有用ファージを用いた有毒アオコ防除技術による水源環境保全に関する基盤的研究
- 2008 - 2010 海洋性好熱菌による難分解性プラスチックの分解及び有用物質生産システムの構築
- 2006 - 2008 アオコ原因ラン藻Microcystis の有毒個体群に対する消滅因子の解明
- 2006 - 2007 二枚貝殺滅渦鞭毛藻ヘテロカプサ・サーキュラリスカーマの越冬形態の解明
- 2004 - 2005 有毒Microcystis 属ラン藻を特異的に溶藻するファージの探索
- 2003 - 2005 小浜湾における二枚貝殺滅渦鞭毛藻Heterocapsa circuralisquamaの発生メカニズムの解明
- 1999 - 2001 三方湖におけるアオコ発生メカニズムの解明
- 1999 - 2000 環境における有毒ラン藻Microcystis属の高感度モニタリングシステムの開発
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